劇情概括：
澤爾格勒事件的結束並非烏薩斯亂局的完結，隨著皇帝費奧多爾將“石棺”能源化的想法落空，變革似乎迫在眉睫。
別喬克在議會上的發言使得費奧多爾最終下定決心推動《冬季資源調配緊急法》，為此他解散了議會，徹底站在了新舊貴族的對立面。
背叛比想象來得更快，雖然皇帝坐擁最為強大的中央集團軍，但是內奸洩露的情報使得開戰之初中央集團軍便損失了三成的兵力。隨著“聖愚”納斯塔霞在女大公葉莉莎的支援下君臨聖駿堡，費奧多爾的軍事力量迅速土崩瓦解，為了避免更大的犧牲，權衡之下負責防務的沃爾金娜公爵主動開啟了城門，納斯塔霞迅速入主琥珀宮，而第二和第四集團軍順利控制了聖駿堡外圍，駐防於涅瓦湖西岸。
費奧多爾在直面納斯塔霞後，在少量軍隊的庇護下和議長維特出逃，最終依靠兩名內衛犧牲創造的“國度”逃過了追擊。出於安全考量，維特決定率領大部隊先行，少量侍從則陪伴費奧多爾前往扎莫列斯，那裡有中央兵團最後一支成建制的部隊。
來到整合運動視角，澤爾格勒事件後，整合運動位於烏卡邊境的集體農莊被惱羞成怒的第一集團軍搗毀。小將軍阿納託利的摯友雅羅米爾奉命追剿整合運動（實際上是追捕希爾達），併成功將九率領的部分整合運動圍困。九組織多次突圍無果，卻意外遇到了從澤爾格勒逃離的西爾卡，雙方遂合作，重新謀劃突圍。
包圍圈外，塔露拉吸納了圖林（真名米拉娜，為圖林精神的繼承人）率領的礦工隊伍和第七集團軍的背叛者，卻陷入了糾結。理性來說，捨棄包圍圈中的夥伴是最穩妥的行為，但塔露拉不願也不能拋棄他們。憑藉第七集團軍背叛者首領卡德爾帶來的情報，眾人搞清楚了敵軍的實際兵力，並對此作出了部署。整合運動包圍圈內外同時出動，在天災掩護下，得以突破重圍。雅羅米爾也收到第一集團軍元帥斯韋特蘭納的命令，要求其停止追捕，回到軍隊駐地。憤怒使得雅羅米爾違抗了軍令，帶著部隊繼續跟蹤整合運動，並希望在合適時機發動襲擊，為摯友報仇。
外面的世界紛爭不斷，而聖駿堡的異動也終於讓所有人察覺。整合運動不願意東躲西藏，在圖林的建議下，開始主動向著風暴的中心移動，希望獲取更多的資訊。在前往聖駿堡的路上，他們偶遇了費奧多爾，並將其作為俘虜收監。費奧多爾之所以能走到現在，是因為希爾達隊伍的幫助，希爾達留下的部下抹去了費奧多爾一行人一路上的蹤跡，幫助其躲避了集團軍的追蹤。
聖駿堡內的抗爭也沒有停下。工人的首領安託沙、“雷爾金”和學生代表奧爾佳、謝爾戈，分別組織了罷工和印刷宣傳刊物。倖存的近衛軍中尉阿洛伊澤也在其中走動聯絡，試圖將反抗的力量集結。不過眾人的努力在烏薩斯的暴力機關前成為了徒勞，第三局重組為了特轄局，在聖駿堡擁有了更高的自由度，特轄局首領卡特琳娜（阿洛伊澤的幼時玩伴）設計抓捕了阿洛伊澤，並以此為籌碼，從阿洛伊澤的父親、副議長瓦西里手裡獲取了第二和第四集團軍在城內活動的間諜情報。隨著特轄局的收網，工人間的聯絡員被逮捕，安託沙遭到埋伏，在“雷爾金”的幫助下才僥倖獲救。藏匿於廢棄戲院的學生被搜捕，謝爾戈為保護刊物身死，如火如荼的反抗陷入了沉寂。
聖駿堡高層也是矛盾不斷。每天都有貴族因被逮捕而喪命，女大公刻意阻隔了納斯塔霞獲取外界的資訊，開始策劃製造屬於自己的內衛，同時要求沃爾金娜維持精煉源石的生產，為烏薩斯的對外戰爭做好準備。第四集團軍元帥葉甫根尼對女大公在第二和第四集團軍裡維持戰略平衡的舉動感到不滿，第四集團軍的部隊試圖以填補防禦為由頭，進駐聖駿堡。卡特琳娜則透過瓦西里的情報察覺出沃爾金娜將《冬季資源調配緊急法》徵收的源石資源藏在鐵河區的第五倉庫內，並故意將這一發現透露給阿洛伊澤。
阿洛伊澤將情報同步給了安託沙以及羅德島，羅德島正好需要工人們製造動靜，來掩護傷員從即將廢棄的卡託加區撤離。眾人一拍即合，策劃了對倉庫的襲擊和卡託加區的撤離行動。計劃一開始進行得非常順利，工人順利佔領了倉庫，而羅德島也成功抵達卡託加區的邊界，但意外卻來得猝不及防。平時勘探的出城入口被臨時封閉，倉庫裡的工人也遭遇了烏薩斯第四集團軍和特轄局的圍攻。計劃全面失控，眾人進退兩難之際，赫拉格作出了繼續前進的決斷，並憑藉自身實力破開了新砌的水泥牆。水泥牆後羅德島發現了失蹤的感染者工人，他們在加工源石時不幸感染，而烏薩斯當局選擇將他們困於此處，任其自生自滅。
出於人道主義，羅德島選擇帶上倖存者，而目睹慘狀的學生自治團和別喬克毅然選擇了留下。作為自治團的監護人，堅雷教官在留下和護送之間陷入兩難。再次陷入糾結之時，依舊是赫拉格主動承擔了護送的任務，讓堅雷履行監護人的職責。
護送之路並非坦途，在離開聖駿堡的城牆後，他們必須直面第二集團軍的陣地，而這片開闊地沒有任何的掩護。面對前來圍剿的部隊，赫拉格選擇獨自斷後，血戰不退，使得第二集團軍的部隊退卻。在陷入昏迷之後，他被第五集團軍的先鋒部隊所救，被暫時囚禁，指揮官拉夫連希望從他口中得知聖駿堡內部的情報。不過赫拉格並非獨自一人，背叛第四集團軍的“謝欽”前指揮官斯喬帕在尋找同伴時，也被第五集團軍抓獲，一通大記憶恢復術後，與赫拉格被關進了同一間牢房。拉夫連審問了甦醒的赫拉格，不僅為了情報，他更希望赫拉格能為背叛帝國的舊事作出一些辯解。但事到如今，赫拉格早已不在乎個人的名利和過往，他將自己所知的一切向拉夫連講述。彙報後，拉夫連也獲得了第五集團軍元帥隨機應變的授權，順勢釋放了赫拉格以及斯喬帕。
視角回到整合運動這邊，即使塔露拉和圖林等人刻意隱瞞，他們“俘虜”烏薩斯皇帝的訊息也在部隊間傳遞。大部分可憐人將過去的不幸全部歸咎於這位皇帝，希望迅速將其處死。
塔露拉和圖林壓下了這些聲音，但是面對兩人的質詢，費奧多爾始終以沉默回應。跟蹤的雅羅米爾等人在發現費奧多爾的蹤跡後發動了突襲，費奧多爾在雷德的幫助下才撿回一命。
面對復仇的機會，雷德最終選擇了理性（其實也被九等人發現了），他將費奧多爾送回了營地，自願接受塔露拉等人的軍法處置。塔露拉選擇諒解，而閉口不言的費奧多爾在一系列事件後，選擇了主動談判。他向整合運動許諾，只要將其護送到扎莫列斯，他將率領剩下的第九兵團離開，感染者將第一次獲得屬於他們的移動城市。整合運動看似主動，但實際上也沒有太多選擇，與其躊躇不前，不如主動出擊。圖林和塔露拉定下了從第四集團軍手中解救扎莫列斯的方針，不過“不死的黑蛇”也在暗處觀察著他們，趁機開始散佈它的影響。
整合運動第一次大規模作戰初期效果顯著，游擊戰牽制了第四集團軍的部分兵力，西爾卡和塔露拉得以率領小隊來到城中和剩餘的中央兵團匯合。他們試圖重新啟動移動城市，卻發現扎莫列斯的動力系統已經嚴重損壞，他們無法按照既定計劃，駕駛移動城市突出重圍。無奈之下，塔露拉決定配合中央兵團護送平民離開，而變故也在此時發生。
第四集團軍前線的指揮官在分析之後，發現整合運動兵力不足，他一面調集兵力對著圖林等人駐守的後路發動進攻，一面派遣部隊加速對扎莫列斯的佔領。卡德爾在第四集團軍的攻擊下身亡，去世前他悲觀地認為費奧多爾也會像歷史上每一任皇帝一樣，最終背棄立下的誓言，給予他們這些幫助者倒戈一擊。事情也在這種悲觀下逐漸失控，“不死的黑蛇”散佈的影響，讓塔露拉小隊中的一名成員陷入癲狂，他強行啟動了扎莫列斯，向著第四集團軍要塞克塞尼亞堡撞去，切爾諾伯格的悲劇即將重演。撤退人群中也是騷亂不斷，有人扔出燃燒瓶，襲擊了幫助撤退的中央兵團，危機、不信任和衝突也在被逐漸點燃。
在事情走向不可挽回之前，阿米婭的聲音藉助真言的源石技藝傳遞到每個人內心之中，化解了即將發生的衝突。塔露拉也在與第四集團軍追兵的拉扯中，以一條手臂結晶化為代價，強行焚燬了扎莫列斯的動力系統。拉夫連也率部隊趕到，擊退了進攻整合運動的第四集團軍。
衝突告一段落，議長維特也與第一集團軍元帥斯韋特蘭納達成協議，現今只需要費奧多爾出面，第一集團軍和第五集團軍就可以協助其奪回聖駿堡。整合運動在此時堅定拒絕了維特的和談以及其許諾的三座屬於感染者的移動城市，圖林和塔露拉明白這一時的妥協只是在為未來的悲劇埋下伏筆，他們希望感染者可以從法律層面獲得平等，並進入帝國議會，爭取自己的權利。談判陷入僵局。另一邊，費奧多爾看到普通人得知自己身份後態度的前後大轉變，心灰意冷，他發現自己所希望的從來不是成為這個帝國名義上的主人，他可以不是皇帝，但需要找到自己的活法。
在最後的談判中，費奧多爾將自己的信件交給維特表明了自己的態度，赫拉格和羅德島的介入促成了談判達成。眾人將奪回聖駿堡，之後感染者將獲得所需的權利。
在終局前最後平靜的時間，整合運動集體摘下面具，曾經，他們需要這個面具來確認自己身為感染者的不同，現在他們將以自己的面孔去成為這個國家的主人。
外圍的戰爭呈現了一邊倒的局勢，第二集團軍立場本就不堅定，在和第一集團軍交鋒受挫後便偃旗息鼓，遞交了和談協議，撤出了戰爭。第四集團軍方面，整合運動迅速癱瘓了其先鋒部隊的高速戰艦，拉夫連的部隊在塔露拉的開道下，以摧枯拉朽之勢擊潰了第四集團軍，葉甫根尼被迫撤退。
城內得到訊息的安託沙、“雷爾金”、奧爾佳也開始了反擊，他們和羅德島一起從藏身處出發，一路號召工人、學生和市民，與烏薩斯軍警在街道上作戰。阿洛伊澤發現了“雷爾金”的真實身份尼克託，便將尼克託的貴族養父留下的遺物交給他，並委託他接收貴族的剩餘遺產。
整合運動進城後，並沒有放棄武裝，他們開始接收工廠以及鐵河區的倉庫。費奧多爾回到了琥珀宮，卻無力阻止第一集團軍發起的清洗。維特替費奧多爾簽訂了一份不合理的條約，費奧多爾只是回到了他的位置，而非地位。斯韋特蘭納在與圖林和談無果後，將其投入了監獄，並安排戰爭術士追捕塔露拉，城內部隊清剿整合運動。九和雷德遇襲後紛紛遇難，在臨死前，九透過自己的源石技藝傳遞出了情報，塔露拉捕捉到了城內的變化，在趕往城中時遭遇了戰爭術士。拉夫連不願戰友遭到迫害，違抗了第五集團軍元帥的調令，掩護塔露拉擊殺了戰爭術士。整合運動陷入絕境之際，斯喬帕帶領“自由民”以及曾經整合運動的游擊隊駕駛移動戰艦塞夢珂趕到，有生力量投入後，第一集團軍開始敗退，但從工人們憤怒失控的表現上，塔露拉知道“黑蛇”也來到聖駿堡了。事實也確實如此，“黑蛇”知曉圖林內心的憤怒，它希望利用這個憤怒，去引導下一場戰爭和衝突。塔露拉和圖林協力破除了黑蛇影響，並結束了它的永恆。
宮內，費奧多爾回想起很多小時候的事情，他確實有一位名叫納斯塔霞的姐姐，而他的母親安格利婭和姐姐，都因父親想要控制聖愚的計劃而過早身亡。面對卡託加區故友的幫助，他拒絕了離開聖駿堡的計劃。他獨自來到了納斯塔霞所在的宮殿，阻止她前往佈道。戰鬥並不激烈，就像是費奧多爾放棄了他一直以來的執念，他的願望並不是重新掌握這個國家，成為一位殺伐果斷的君主，他現在只希望姐姐能夠安息，而他終將找到屬於自己的新身份。
大火開始在琥珀宮燃燒，在與趕到的塔露拉對視後，費奧多爾走入了那片火海深處，一個屬於烏薩斯帝國的時代就此結束。聯軍擊敗了第一集團軍，斯韋特蘭納求援無果後選擇自盡來保全最後的體面。女大公被捕，在新政府的法庭上她被宣判死刑，為自己的野心付出了代價。撤退的葉甫根尼最終被他所不屑的私生女西爾卡所刺殺，他未完的計劃再無實現的可能。
新生的烏薩斯在羅德島的斡旋下和卡西米爾以及維多利亞定下了合作，源石的危機暫時解除。但告別才是主旋律，安託沙決定前往建設南方，奧爾佳捐出了所有的土地和財富用於建設新的大學，她只提出了一個要求：這所新大學的校舍命名為“彼得拉設夫斯基”，用於紀念她和安託沙共同的老師。柳德米拉和凱爾希來到教堂，那裡有所有切爾諾伯格研究所遇難者的名字，凱爾希從未忘記他們，如今，他們的犧牲終於有了結果。凍原的白樺林間，塔露拉在獨自前行，她並不願意享受榮譽，她需要為過去贖罪，而贖罪沒有盡頭。
她會奔赴下一個感染者所需要的地方，直到自己的終局。風雪之間，她找到了整合運動最初的墓碑，她在墓碑上補充了那些犧牲者的名字，屬於整合運動的故事也就此告一段落。
費奧多爾並沒有喪生，他離開了宮殿，第一次找到屬於自己的生活，打獵時，他故意放走了帶著自己一對兒女的母角跳獸，作為皇帝他無法真正決定什麼，現在他卻可以自豪地說出：
“喂——走吧！你可以走了——我放你自由——”
故事簡析：
從開服的《黑暗時代》到如今的《時間啊，向前！》，烏薩斯篇橫跨七年最終收尾，也意味著明日方舟的故事完全進入了一個新的階段。
回顧烏薩斯帝國的滅亡，我們會發現一個有趣的現象，烏薩斯所謂的敵人和矛盾並非橫空出世而是烏薩斯本身所造就的。感染者、自由民、礦工，再到新舊貴族的矛盾、集團軍之間的衝突、中央與地方的分裂，這個表面強盛的帝國在先皇的治下達到頂峰，卻迅速進入了衰退，直至完全覆滅。
從前烏薩斯的改革無非是利益的一端戰勝了利益的另一端，無人可以動搖那些壓迫和剝削。安託沙的爺爺反抗地主成功，卻成為了下一個殘暴的地主，並非他忘記了過去的苦難，而是階級和利益再度塑造了他，他戰勝地主也只是想成為地主，如果思想沒有變化，這種戲碼只會在烏薩斯的土地上反覆上演。也就在同時，烏薩斯帝國從思想上製造了摧毀它自己的武器。
伊凡·圖林，貴族出身的他因哥哥的反叛，被髮配遠北礦區，受過良好教育的他在壓迫和苦難中不斷思考，最終發現了帝國將自行崩解的秘密，而他所做的，就是提筆記錄下他的思想。他教會更多的工人讀書識字，在被赦免後，他沒有停下腳步，而是在各地奔走，直到身死。在他死後，烏薩斯帝國第一次失算了，烏薩斯可以摧毀卡西米爾的騎士團，可以捨棄忤逆皇帝的聖愚，卻無法毀滅圖林帶來的思想。米拉娜以及更多人重新舉起了他的旗幟，而烏薩斯帝國從此處開始就敲響了滅亡的喪鐘。
過往的運動往往侷限於暴力，“不死的黑蛇”也在暗處推動暴力的蔓延，作為社會達爾文主義者，“黑蛇”推動衝突，並堅信只有從物競天擇中誕生的“強者”帶著憤怒，才能推動烏薩斯走向輝煌。但他也失算了，米拉娜積攢了憤怒，卻明白更重要的道理，暴力的作用是有限的，而擅長暴力的人最終也會倒在暴力之下。從拒絕維特的提議開始，她就明白她所期望的並非一座舊的建築，完全腐朽的塔樓即便修修補補也不可能滿足所有人的期待，不如一把火焚盡，重新建立起更大更好的樓盤。出人意料的則是烏薩斯帝國內部比看起來還要腐朽，整合運動僅僅給了它重重一拳，這棟建築便瞬間崩塌。
歷史本來就充滿了偶然以及必然，偶然使得歷史頗具戲劇性和黑色幽默，而必然則昭示著結局。我們或許會覺得故事中的米拉娜太過理想化，並不存在一個這樣完美堅定的領袖。
現實或許是這樣的，沒有一個完美的角色可以對映米拉娜，但反過來思考，正是現實中那些高尚者的集合，才造就了米拉娜這一角色。他們懷著對被壓迫者最深的憐憫，因此甘願拋棄自己的階級和生活，他們被所有自稱最現實的人嘲笑追捕，卻用最遙不可及的理想，使得空想的殿堂得以成為現實的建築。不管日後的人如何評判，請記住它最初懷著最純潔的理想降生，而現在的人應該繼續那份理想。
受限於篇幅不能聊太多，對於角色的想法會放在角色的人物誌中帶給大家，謝謝觀看。
