组织前冥主沐天邈被魂所杀，左殇随后取得冥主之位。魂一夜之间成了组织追杀的对象，追杀令上称他为凶徒。
可真正的问题是：
魂为什么会杀自己的义父？
左殇为什么没有直接杀他？
又是谁把沐天邈的闭关计划泄露出去的？
在最终决战节点，魂与左殇约定5月18日在故无演武场决一死战。两人真正意义上同归于尽，打成平手。战后各选一条续命之路：
左殇的续命方式按下不表；
魂则接受了“毒心之术”，生命只剩66天。
给魂做手术的是鬼手——影境中唯一不属于任何势力的神级变量，来去不定、阴晴不定，连性别都不能确定的神秘神医。
他只按自己的规矩收钱治病，医术高超、手段诡异、敢用禁忌之术，有三不救：
活人不救、
死人不救、
一无所有者不救。
但只要他接下手，就按病患要求彻底治好，且价格高昂。鬼手给魂66天，魂必须在这段时间里寻找解法，同时追查背叛背后的惊天阴谋，还要应对组织追杀。
于是，游戏真正的叙事动力出现了：
魂在生命倒计时中，一边逃命，一边倒查自己错杀义父的真相。
第一章：暗魔天堡覆灭与魂的身世
要理解魂为什么杀沐天邈，必得先看江湖上当时摆着的三股力量：暗魔天堡、组织、龙氏家族。
暗魔天堡不为武林正道所容，可它实力强、影响大，靠谋杀威慑江湖。
组织相对来说更加神秘，创立者是沐天邈，成员一入组织，过往身份便被抹掉。他的目的是引进并建立一套由自己主导的新秩序。
龙家则不同，表面在《影之刃：零》里出场不多，实际是朝廷在江湖的代理人、武林第一名门世家，嫡系血脉还握着独一无二的金色剑气。
剩下两家摆在一起，组织要动刀，第一个选中的就是暗魔天堡。
于是有游戏时间二十八年前那场大火。
那时魂刚出生，暗魔天堡张灯结彩，直系高手回堡庆贺。组织于是挑这个时辰动手，准备全歼暗魔天堡。
此前组织成立的第四年起就开始侦查筹划，派人潜入暗魔天堡内部潜伏；动手时先毒倒大批高手，让堡内指挥体系瘫掉，再里应外合破门。
这一战组织也疼，折了两位冥史，超过七成人马被消灭，但目的达成。
暗魔天堡被战火焚毁。堡主魔渊战败被囚禁起来，以得到秘传功法。
魂就是在这时候被沐天邈抱走的，后来交给南城一位未婚女子抚养。
魂对童年只剩零碎画面：一个高大男人抱着他在火光中奔跑，还有一个从未露面的青衣人。
养母对则他的亲生父母闭口不言，所以身世对魂自己始终是个谜。
魂孩童时期与南城另一个野孩子左殇成为最好的朋友，两人每天偷鸡摸狗。
养母去世后，魂开始与左殇一道流浪。
流浪中，两人与江湖名家先锋剑客发生争执，左殇为救魂误杀先锋剑客，被正派追捕。两个孩子感慨：堂堂大宗师却要夺财害命，连小孩都要赶尽杀绝。也正在此时，他们萌生了练武成就大事的想法。
沐天邈则恰到好处地出现，把他们收进组织，认作义子。魂和左殇就这样成了杀父仇人的养子，并被训练成组织里令人闻风丧胆的高手。
在组织冷酷艰辛的训练生涯里，沐天邈的独生女沐小葵逐渐成为魂最大的精神依靠。
沐小葵母亲方巧如生她时难产去世，她自幼由父亲和义兄共同抚养，在组织内被称为少主。她出生在组织二十二年，巧的是也正是这一年，沐天邈正式把魂和左殇收为义子。
第二章：左殇的身世与那场政变
但另一条更深的线，是左殇的身世。
左殇是龙氏家族龙武之子，在组织12年出生。龙家在《影之刃：零》出场很少，但实际上龙氏家族是朝廷在江湖的代理人、武林第一名门世家，嫡系血脉还拥有独一无二的金色剑气。
左殇自幼就怀疑过自己的身世，并在执行任务时了解到龙氏家族的过往与覆灭真相，于是把家仇和野心一起压进了冷静的外表之下。
此后10年，左殇主导组织不断扩张吞并，遭到沐天邈反对，两人的矛盾愈演愈烈。最终导致左殇在组织40年2月借魂之手除掉了沐天邈，并篡夺冥主之位。
这里就出现一个关键人物：忠叔。忠叔本名全忠，外号“大管家”，是组织的管家，从组织诞生之初就追随着沐天邈，数十年忠心耿耿、任劳任怨。
左殇从忠叔那里得知了沐天邈闭关的计划——也就是说，整个局最关键的一环，信息源就落在忠叔身上。
于是左殇找到魂，谎称义父沐天邈在临闭关之前留下了一张地图，与魂的血脉有关。实际上，这张地图正是沐天邈的闭关场所。
沐天邈年老之后仍想巩固权力，甚至尝试在没有龙氏血脉加持的情况下强练龙家的金色剑气。为了突破这一剑法，他在闭关之地敲响断货崖上获得的那口钟。
那口钟曾经让在场的所有武林高手疯狂失控、自相残杀。
魂这边，从小长期被不可名状的杀气困扰，意识会随之模糊甚至失控。魂本人一直恐惧这股杀气某天会夺走自己的理智，酿成无法挽回的大错。
原因是他作为暗魔天堡的后代，血脉中自带狂暴的黑红色杀气——这是暗魔天堡一族掌握独特的杀气法门与操控秘术。
魂在不知情的状态下来到沐天邈的闭关之地，在钟声影响下彻底失控，与正在闭关的沐天邈展开疯狂厮杀。就这样，魂错杀了沐天邈。
事后左殇和忠叔出现。左殇并没有直接了结魂的性命，而是约定5月18日在故无演武场决一死战。
左殇自己给忠叔的解释是：要看一看龙家和魔家的后代谁更胜一筹。
但实际上，左殇对魂的情感比较矛盾，这也是影之刃系列最核心的情感线之一。
两个灭门遗孤一道流浪，一起被组织收养，是过命的兄弟。
这让左殇不愿意用阴谋诡计取魂的性命——哪怕他已经暗中掌控全局，仍愿意亲自出面与魂一决胜负。
第三章：贤者、荒形子、孟钗与虚空人偶术
追查下去，魂发现左殇与昆仑三杰之一的荒形子有密谋。
昆仑三杰是玉音子、荒形子、墨玑子，正道武林名望极高的斩妖舞者，后来代表昆仑派加入武林正道联盟。组织与正道高手结盟，名义上共看怪面，左殇却另有打算。
他利用荒形子的野心做交易：让荒形子制服善用琵琶的弦者，作为交换，左殇杀掉玉音子掌门。
左殇之所以要弦者躯体，背后是因为梦差。
梦差的门派专门研究移魂和操纵人偶，陆家村人偶实验的幕后主事者就是他。
梦差告诉左殇，弦者是南城金玉阁之祖虚空大人制作的人偶，得到躯体加以研习，必能勘破虚空人偶之术，就可以把许多高手制作成人偶永远留在世间，再通过蝎子命令控制他们，从而一劳永逸掌控武林。
得到弦者躯体两年后，梦差真研究出了虚空人偶之术，从而操纵了大批高手。所以魂在路上遇到的许多Boss级敌人，其实是被虚空人偶之术控制的人。
弦者虽然被害死，却还能用哭声给魂指路。
她的武器就是声音，声音可以脱离肉身留在雾上。她遇害前用力拨了一下琵琶，死后仍能通过声音告知自己的位置。魂顺着线索找到荒形子。荒形子接受龙体改造后已被反噬，从昆仑三杰之一变成怪物。
杀了他之后，魂发现墨玑子被囚禁在圣母娘娘像中。墨玑子说，左殇和荒形子这样做，是为了复活圣母娘娘，把她从里武林带到表武林。
第四章：表里武林与龙体改造
这里得把表武林和里武林说清。人们日常说的武林是表武林，就是看得见的武林；里武林是幻术与移魂术修行者用意识搭出来的另一层空间。
里面意识多强，镜像就多强；镜像被击败，意识可能永久涣散。
已故之人能在里武林复活，失传武功能重现，现实中被毁灭的东西在里武林依然存在。
魂在里武林见到生父魔渊。魔渊只剩一丝意识，被沐天邈锁着，他让魂不要来找自己，说这些年一直放心不下魂，能这样相见已经心满意足，只叮嘱魂：无论生命还剩几天，都要让每一天无愧于心。
现实中的表武林也没好到哪去。除了被人偶操纵的高手，许多正道联盟弟子和成员接受了龙体改造。
这套技术来自天外天枢：朝廷大学士盗走六十六册天书残册出逃，里面记载杀气生成、流转、抑制的原理，与机关术结合后能造出源源不断提供杀气的装置，替换人的器官和部位，让人瞬间获得常人苦修数十年乃至上百年的力量，但代价是长期被外来杀气侵蚀。
魂身边还有些没被操纵、也没接受改造的老帮手全部用心帮助魂。
第五章：圣母娘娘与浊
魂最初只想洗清冤屈、找出真凶、寻求活更久的方法。可查着查着，他发现只有极少数武林中人还坚守最后的侠义，组织、正道联盟、圣母娘娘势力都漠视底层百姓的死活。
于是这个本该为自救而战的杀手，在生命最后时刻选择为无权无势的普通人寻求活路，格局从自救升华为守护。
圣母娘娘到底是谁？她的表层身份是陆家先祖夫人，被龙体改造这种杀气改造技术做成了充满宗教意味的怪物，底座刻着“吕大夫人”。游戏里还有一整套《圣母娘娘之谜》的收集解密线。
她在里武林的身份叫万邪后，是最顶尖的幻术大师、里武林的统治者，惯用幻境把人困死。因为久居里武林，她彻底丧失在表武林自由行动的能力，只能靠操纵代言人干预现实。
她能实体化，是因为表武林信众替她准备好了壳：吕大夫人的身体被做成圣母娘娘。她不是从里武林走出来，而是里武林的意识进驻表武林留好的壳里。
没有皇心约束，圣母娘娘会瞬间把浊放向表武林；浊一蔓延，整个影境表里融合，归于混沌。
十、结局与左殇的真正用意
两个结局：
第一个是圣母娘娘在最终一战中落败，她没有就此罢休，而是将“浊”释放出来。浊一旦扩散，表武林便走向毁灭。里武林本就不是凭空而生，它由众生的记忆、执念、欲望与心魔层层汇聚；里武林里的创伤和死亡，又会反过来作用到现实肉身，表里两边始终相连。更麻烦的是，里武林中还有一处“无尽捷径”，那里堆积着无数罪业，是整个里武林最混乱、最凶暴的空间。圣母娘娘所做的，等于把这些东西一并放了出来。
另一个结局里，圣母娘娘正要释放浊，左殇从她背后出手，将其刺杀并彻底消灭。左殇告诉魂，即便魂今天不出现，他也会阻止孟钗和圣母娘娘。此前左殇与魂双双濒死，他给自己选的活路是移魂进入人偶。左殇判断，浊迟早会吞掉表武林；在那一天到来之前，以人偶之躯去承受浊，再借移魂之法操控人偶，就能凌驾于浊之上，这才是真正解救影境的办法。他此前一系列举动，真正用意也在这里。
但魂不接受这套说法。他认为，若没有左殇的野心，也没有梦差的野心，浊根本不会蔓延到表武林。
两人理念不同，再次决战。左殇有龙家嫡系血脉的金色剑气，魂觉醒魔家黑红杀气，恶战后左殇战败，跳崖自尽。
剧终！
