組織前冥主沐天邈被魂所殺，左殤隨後取得冥主之位。魂一夜之間成了組織追殺的物件，追殺令上稱他為兇徒。
可真正的問題是：
魂為什麼會殺自己的義父？
左殤為什麼沒有直接殺他？
又是誰把沐天邈的閉關計劃洩露出去的？
在最終決戰節點，魂與左殤約定5月18日在故無演武場決一死戰。兩人真正意義上同歸於盡，打成平手。戰後各選一條續命之路：
左殤的續命方式按下不表；
魂則接受了“毒心之術”，生命只剩66天。
給魂做手術的是鬼手——影境中唯一不屬於任何勢力的神級變數，來去不定、陰晴不定，連性別都不能確定的神秘神醫。
他只按自己的規矩收錢治病，醫術高超、手段詭異、敢用禁忌之術，有三不救：
活人不救、
死人不救、
一無所有者不救。
但只要他接下手，就按病患要求徹底治好，且價格高昂。鬼手給魂66天，魂必須在這段時間裡尋找解法，同時追查背叛背後的驚天陰謀，還要應對組織追殺。
於是，遊戲真正的敘事動力出現了：
魂在生命倒計時中，一邊逃命，一邊倒查自己錯殺義父的真相。
第一章：暗魔天堡覆滅與魂的身世
要理解魂為什麼殺沐天邈，必得先看江湖上當時擺著的三股力量：暗魔天堡、組織、龍氏家族。
暗魔天堡不為武林正道所容，可它實力強、影響大，靠謀殺威懾江湖。
組織相對來說更加神秘，創立者是沐天邈，成員一入組織，過往身份便被抹掉。他的目的是引進並建立一套由自己主導的新秩序。
龍家則不同，表面在《影之刃：零》裡出場不多，實際是朝廷在江湖的代理人、武林第一名門世家，嫡系血脈還握著獨一無二的金色劍氣。
剩下兩家擺在一起，組織要動刀，第一個選中的就是暗魔天堡。
於是有遊戲時間二十八年前那場大火。
那時魂剛出生，暗魔天堡張燈結綵，直系高手回堡慶賀。組織於是挑這個時辰動手，準備全殲暗魔天堡。
此前組織成立的第四年起就開始偵查籌劃，派人潛入暗魔天堡內部潛伏；動手時先毒倒大批高手，讓堡內指揮體系癱掉，再裡應外合破門。
這一戰組織也疼，折了兩位冥史，超過七成人馬被消滅，但目的達成。
暗魔天堡被戰火焚燬。堡主魔淵戰敗被囚禁起來，以得到秘傳功法。
魂就是在這時候被沐天邈抱走的，後來交給南城一位未婚女子撫養。
魂對童年只剩零碎畫面：一個高大男人抱著他在火光中奔跑，還有一個從未露面的青衣人。
養母對則他的親生父母閉口不言，所以身世對魂自己始終是個謎。
魂孩童時期與南城另一個野孩子左殤成為最好的朋友，兩人每天偷雞摸狗。
養母去世後，魂開始與左殤一道流浪。
流浪中，兩人與江湖名家先鋒劍客發生爭執，左殤為救魂誤殺先鋒劍客，被正派追捕。兩個孩子感慨：堂堂大宗師卻要奪財害命，連小孩都要趕盡殺絕。也正在此時，他們萌生了練武成就大事的想法。
沐天邈則恰到好處地出現，把他們收進組織，認作義子。魂和左殤就這樣成了殺父仇人的養子，並被訓練成組織裡令人聞風喪膽的高手。
在組織冷酷艱辛的訓練生涯裡，沐天邈的獨生女沐小葵逐漸成為魂最大的精神依靠。
沐小葵母親方巧如生她時難產去世，她自幼由父親和義兄共同撫養，在組織內被稱為少主。她出生在組織二十二年，巧的是也正是這一年，沐天邈正式把魂和左殤收為義子。
第二章：左殤的身世與那場政變
但另一條更深的線，是左殤的身世。
左殤是龍氏家族龍武之子，在組織12年出生。龍家在《影之刃：零》出場很少，但實際上龍氏家族是朝廷在江湖的代理人、武林第一名門世家，嫡系血脈還擁有獨一無二的金色劍氣。
左殤自幼就懷疑過自己的身世，並在執行任務時瞭解到龍氏家族的過往與覆滅真相，於是把家仇和野心一起壓進了冷靜的外表之下。
此後10年，左殤主導組織不斷擴張吞併，遭到沐天邈反對，兩人的矛盾愈演愈烈。最終導致左殤在組織40年2月借魂之手除掉了沐天邈，並篡奪冥主之位。
這裡就出現一個關鍵人物：忠叔。忠叔本名全忠，外號“大管家”，是組織的管家，從組織誕生之初就追隨著沐天邈，數十年忠心耿耿、任勞任怨。
左殤從忠叔那裡得知了沐天邈閉關的計劃——也就是說，整個局最關鍵的一環，資訊源就落在忠叔身上。
於是左殤找到魂，謊稱義父沐天邈在臨閉關之前留下了一張地圖，與魂的血脈有關。實際上，這張地圖正是沐天邈的閉關場所。
沐天邈年老之後仍想鞏固權力，甚至嘗試在沒有龍氏血脈加持的情況下強練龍家的金色劍氣。為了突破這一劍法，他在閉關之地敲響斷貨崖上獲得的那口鐘。
那口鐘曾經讓在場的所有武林高手瘋狂失控、自相殘殺。
魂這邊，從小長期被不可名狀的殺氣困擾，意識會隨之模糊甚至失控。魂本人一直恐懼這股殺氣某天會奪走自己的理智，釀成無法挽回的大錯。
原因是他作為暗魔天堡的後代，血脈中自帶狂暴的黑紅色殺氣——這是暗魔天堡一族掌握獨特的殺氣法門與操控秘術。
魂在不知情的狀態下來到沐天邈的閉關之地，在鐘聲影響下徹底失控，與正在閉關的沐天邈展開瘋狂廝殺。就這樣，魂錯殺了沐天邈。
事後左殤和忠叔出現。左殤並沒有直接了結魂的性命，而是約定5月18日在故無演武場決一死戰。
左殤自己給忠叔的解釋是：要看一看龍家和魔家的後代誰更勝一籌。
但實際上，左殤對魂的情感比較矛盾，這也是影之刃系列最核心的情感線之一。
兩個滅門遺孤一道流浪，一起被組織收養，是過命的兄弟。
這讓左殤不願意用陰謀詭計取魂的性命——哪怕他已經暗中掌控全域性，仍願意親自出面與魂一決勝負。
第三章：賢者、荒形子、孟釵與虛空人偶術
追查下去，魂發現左殤與崑崙三傑之一的荒形子有密謀。
崑崙三傑是玉音子、荒形子、墨璣子，正道武林名望極高的斬妖舞者，後來代表崑崙派加入武林正道聯盟。組織與正道高手結盟，名義上共看怪面，左殤卻另有打算。
他利用荒形子的野心做交易：讓荒形子制服善用琵琶的弦者，作為交換，左殤殺掉玉音子掌門。
左殤之所以要弦者軀體，背後是因為夢差。
夢差的門派專門研究移魂和操縱人偶，陸家村人偶實驗的幕後主事者就是他。
夢差告訴左殤，弦者是南城金玉閣之祖虛空大人制作的人偶，得到軀體加以研習，必能勘破虛空人偶之術，就可以把許多高手製作成人偶永遠留在世間，再透過蠍子命令控制他們，從而一勞永逸掌控武林。
得到弦者軀體兩年後，夢差真研究出了虛空人偶之術，從而操縱了大批高手。所以魂在路上遇到的許多Boss級敵人，其實是被虛空人偶之術控制的人。
弦者雖然被害死，卻還能用哭聲給魂指路。
她的武器就是聲音，聲音可以脫離肉身留在霧上。她遇害前用力撥了一下琵琶，死後仍能透過聲音告知自己的位置。魂順著線索找到荒形子。荒形子接受龍體改造後已被反噬，從崑崙三傑之一變成怪物。
殺了他之後，魂發現墨璣子被囚禁在聖母娘娘像中。墨璣子說，左殤和荒形子這樣做，是為了復活聖母娘娘，把她從裡武林帶到表武林。
第四章：表裡武林與龍體改造
這裡得把表武林和裡武林說清。人們日常說的武林是表武林，就是看得見的武林；裡武林是幻術與移魂術修行者用意識搭出來的另一層空間。
裡面意識多強，映象就多強；映象被擊敗，意識可能永久渙散。
已故之人能在裡武林復活，失傳武功能重現，現實中被毀滅的東西在裡武林依然存在。
魂在裡武林見到生父魔淵。魔淵只剩一絲意識，被沐天邈鎖著，他讓魂不要來找自己，說這些年一直放心不下魂，能這樣相見已經心滿意足，只叮囑魂：無論生命還剩幾天，都要讓每一天無愧於心。
現實中的表武林也沒好到哪去。除了被人偶操縱的高手，許多正道聯盟弟子和成員接受了龍體改造。
這套技術來自天外天樞：朝廷大學士盜走六十六冊天書殘冊出逃，裡面記載殺氣生成、流轉、抑制的原理，與機關術結合後能造出源源不斷提供殺氣的裝置，替換人的器官和部位，讓人瞬間獲得常人苦修數十年乃至上百年的力量，但代價是長期被外來殺氣侵蝕。
魂身邊還有些沒被操縱、也沒接受改造的老幫手全部用心幫助魂。
第五章：聖母娘娘與濁
魂最初只想洗清冤屈、找出真兇、尋求活更久的方法。可查著查著，他發現只有極少數武林中人還堅守最後的俠義，組織、正道聯盟、聖母娘娘勢力都漠視底層百姓的死活。
於是這個本該為自救而戰的殺手，在生命最後時刻選擇為無權無勢的普通人尋求活路，格局從自救昇華為守護。
聖母娘娘到底是誰？她的表層身份是陸家先祖夫人，被龍體改造這種殺氣改造技術做成了充滿宗教意味的怪物，底座刻著“呂大夫人”。遊戲裡還有一整套《聖母娘娘之謎》的收集解密線。
她在裡武林的身份叫萬邪後，是最頂尖的幻術大師、裡武林的統治者，慣用幻境把人困死。因為久居里武林，她徹底喪失在表武林自由行動的能力，只能靠操縱代言人干預現實。
她能實體化，是因為表武林信眾替她準備好了殼：呂大夫人的身體被做成聖母娘娘。她不是從裡武林走出來，而是裡武林的意識進駐表武林留好的殼裡。
沒有皇心約束，聖母娘娘會瞬間把濁放向表武林；濁一蔓延，整個影境表裡融合，歸於混沌。
十、結局與左殤的真正用意
兩個結局：
第一個是聖母娘娘在最終一戰中落敗，她沒有就此罷休，而是將“濁”釋放出來。濁一旦擴散，表武林便走向毀滅。裡武林本就不是憑空而生，它由眾生的記憶、執念、慾望與心魔層層匯聚；裡武林裡的創傷和死亡，又會反過來作用到現實肉身，表裡兩邊始終相連。更麻煩的是，裡武林中還有一處“無盡捷徑”，那裡堆積著無數罪業，是整個裡武林最混亂、最兇暴的空間。聖母娘娘所做的，等於把這些東西一併放了出來。
另一個結局裡，聖母娘娘正要釋放濁，左殤從她背後出手，將其刺殺並徹底消滅。左殤告訴魂，即便魂今天不出現，他也會阻止孟釵和聖母娘娘。此前左殤與魂雙雙瀕死，他給自己選的活路是移魂進入人偶。左殤判斷，濁遲早會吞掉表武林；在那一天到來之前，以人偶之軀去承受濁，再借移魂之法操控人偶，就能凌駕於濁之上，這才是真正解救影境的辦法。他此前一系列舉動，真正用意也在這裡。
但魂不接受這套說法。他認為，若沒有左殤的野心，也沒有夢差的野心，濁根本不會蔓延到表武林。
兩人理念不同，再次決戰。左殤有龍家嫡系血脈的金色劍氣，魂覺醒魔家黑紅殺氣，惡戰後左殤戰敗，跳崖自盡。
劇終！
