【gal考古22】解體神話的偵探——論《火焔聖母 ～The Virgin on Megiddo～》的機械神學、時代症候與獻祭倒錯
故事始於一封沒有署名的尋人委託。十六歲的見習偵探蘭堂研人被迫轉學進入伊邪那美市，很快發現當地生活已被全面數字化。買水、乘車、進校門與借書都依賴同一張卡，便利的服務也使居民的行為能夠被持續記錄。研人對這種管理方式的懷疑，構成了作品對城市秩序的最初觀察。
事件的主場是市立聖骸布學園高等學校，伊邪那美市唯一的一所高中，也是那件聖遺物安置的地方。此後的調查涉及燒成人形而長椅無損的自燃、比這座城市還古老九百年的火焰、被抹掉名字的教會檔案、舊市街望族祭壇下的豎穴、一封只抄了一句英文聖經的匿名郵件、署著一個網名的三行死亡預告、全城同時熄燈的那一夜、四千支湧向龍神祠的火把，以及檔案中反覆出現的“聖母”。
故事的舞臺完全封閉在一座城市裡。城郊是國際能量實驗爐“虛空”，市中心是資本與行政疊出來的新市街，舊市街圍著神奈備池與龍神祠，新市民和舊市民之間存在不可調和的矛盾。城裡大半居民受僱於同一個資本集團，市政府的另一個名字就是企業的管理中心。作品的發行時間也為這套城市想象增添了歷史背景。它 2001 年 8 月上市時，Dreamcast 已在同年三月底停產。
這座城本身就是一次實驗。企業和新市民要能源，教廷要造神，原住民要傳承豐穰，三方在看似機緣巧合之下用同一座城市做同一場實驗。新市街住著受同一家公司僱傭的市民，舊市街住著世代守著祭禮的原住民，城郊那座實驗爐裡，進行著慘無人道的人體實驗。當自燃、預言與謀殺相繼出現時，城市原有的安排逐漸瓦解，主角研人也開始拒絕服從。而以潔淨高效為目標的城市，最終仍依賴對具體個人的犧牲。
一、基本資訊
《火焰聖母 ～The Virgin on Megiddo～》是一部 2001 年 8 月 2 日發售的世嘉 Dreamcast 用全年齡文字冒險遊戲，由有限公司スタジオライン（Studio Line）開發、股份有限公司廣美髮行。作品以蘭堂研人的調查為唯一主線，選項主要影響部分女性角色的結局。
在“偵探”這個標籤之下，這部作品把都市傳說、民俗學、舊約神學、企業管理學與一套城市作業系統熔於一爐。它的人物關係纏繞著教會、企業與一箇舊家族，敘事從外來者進城的第一天一路走到終章，並持續討論女性被視為資源後能否保有個人身份。被一族囚禁了幾十代的白色母神、教廷供養兩千年的“聖母”、被實驗吞沒的研究主任，故事的每一層，都有一具被當作資源處理的女性身體。
本作對偵探故事的處理不同於常見的推理敘事。通常，讀者與偵探共同接觸線索，並透過推理參與解謎；本作卻將玩家置於一個缺乏資訊與決定權的觀察位置。這與研人的“稀人”身份相一致。他作為外來者進入城市，承擔的是打破封閉共同體的職責，卻並不清楚這一安排的全貌。玩家與主角共享的，因而主要是受限的認知與行動處境。這一位置貫穿了作品的敘事結構與人物關係。
二、一個可觀察的錯位
1999年在作品中反覆出現。序章的城市年表記載，1990 年第三部門啟動開發計劃，1999 年外資接盤、計劃重啟，2005 年國際能量實驗爐“虛空”一號爐完工，2010 年新市街落成（序章 L850–854）。而故事當下的時間，是 2013 年 5 月 21 日。
也就是說，這部 2001 年發售的作品，其末日設定原本指向 1999 年。那一年曾因諾查丹瑪斯的預言而備受關注。1999 年過去兩年之後，這個年份落進了一款全年齡文字冒險遊戲的設定檔案裡，改變形態之後繼續存在。
作品的製作背景體現了既有團隊向家用機開發的轉變。製作方スタジオライン是橫田守 1990 年親手設立的公司，最初以動畫製作為業，此後才擴充套件到遊戲與集換式卡牌；本作是它第一次以家用機規格投入的作品。而 Dreamcast 的硬體生產已在同年三月底宣告停止，這部作品上市的時候，它所屬的平臺已經停產四個月。主要成員在此前作品中已有合作。橫田守這位以“凡他擔任角色設計的作品無一不紅”而擁有狂熱支持者的原畫家，在本作中兼任製作人與角色設計；劇本藤木只、原畫土代昭治、音樂樋口秀樹，則與他從 1998 年的《魔法加南》起一路共事，經 2000 年的《ELYSION》到本作；配樂另由與猶啟至、石川直人分擔。作者自述 1996 年就寫好了本作的初期設定（當時他已為“1999 年的夏至”想好了副題 Megiddo），劇本的實際作業要等前作《ELYSION》（2000 年 8 月）做完才開始，成品於 2001 年 8 月面世。發售六週後，作者又在個人網站釋出了一份親筆的《火焰聖母》用語解說。
這部作品是一件密度極高的 2001 年標本，全作開篇以列舉展開，先給出抽象的黃金比率，接著是名片、電話卡這一類工業標準化的日用品，然後是帕特農神殿、桂離宮、金字塔、巨石陣、米羅的維納斯、達·芬奇、北齋，最後一行是“そして…／コンピュータの”（“以及……／計算機的”）。電話卡是八九十年代在日本大量流通、隨後迅速消失的預付費電話卡。把一件工業日用品插進一組聖物的序列，再把整個序列收束到電腦上，這一排列體現了作品的基本思路。它把電腦接在神殿之後，當作同一系列的下一個環節，機器即新的神殿。
這份清單同時暴露了寫作者的年代感。在這部作品的網路想象裡，與現實中20年之後不同，終端不是人人手裡的裝置，而是一座市營的中央主機。由市、企業與一臺主機統一管理，全城市民憑一張卡接入。也就是說，寫這部作品的人尚未把“移動終端”當作基礎設施來設想，他想象的控制是集中式的，不是分散式的。這種管理方式也與城市的政治結構一致。城裡的居民並不需要被監視，因為他們本來就生活在一臺主機之內。
作品真正的恐怖物件因此不是火，而是潔淨。第七章前編有一段關於新市街的觀察，是全作時代感最強的文字。研人首先觀察了城市的人口構成，發現居民以研究者與短期派駐的單身職員為主，二十歲以下的人口極少，全市只有一所高中，因為“一所就夠了”。隨後他寫出那句疑問，
“普通の街で、普通に過ごしている人は、老人と子供のいない世界を想像できるだろうか？／夜明けと夕暮れの無い、晝の光だけの世界…”
（“在普通城市裡過著普通生活的人，能想象一個沒有老人和孩子的世界嗎？／沒有黎明和黃昏，只有白晝之光的世界……”）。
研人隨後列出了城市中缺少的日常景象，包括鬧市的擁擠、柏青哥店的噪音、見不得人的後巷、哭鬧的孩子、公園長椅上的老人、路邊攤的拉麵車、擴音器裡的叫賣聲、成堆的垃圾袋，“這些東西，這裡一樣也沒有，一樣也不存在。”
鬧市、柏青哥、後巷、攤販、垃圾，正是 2001 年日本所謂“下町”與“昭和”的全部可見標誌。這部作品沒有讓新市街與它們衝突，而是讓它們消失，不是被取締，而是從來不曾存在。於是，“潔淨”成為了一種社會性刪除。
市政宣傳則以另一種方式描述城市，序章宣稱“各位知道EARTH系統嗎？當然知道吧。一座兼具歷史與科學、豐富自然與光明希望的城市。”。這段宣傳影像把第三部門開發計劃的公文套話原封不動地念了出來，而它開頭交代的履歷，也反映了開發計劃的財政困境。1990 年第三部門主導的開發因財政破產而頓挫，1999 年靠外資提攜重啟。一座以清除陰影為代價建立起來的城市，需要一種同樣清潔的機制來維持自己。第三章裡那位被高溫侵蝕的研究者說的話，恰好把這層含義翻了出來，“這裡沒有黑暗……只有光……所以，我……無處可藏……”。沒有陰影的世界既是城市的目標，也構成了危險的條件。“淨化之焰”不是外來的災禍，而是這座城市自身衛生學的完成形。
它用來解釋一切的物理學也不是臨時編的。第七章後編的書信對相關設定作了完整說明。明在系宇宙是物理的宇宙、受 π 支配，即圓、即阿基米德螺旋，暗在系宇宙是精神與靈性的宇宙、生命根源的世界，受 Φ 支配，即黃金比、即斐波那契螺旋（第七章後編 L4322–4329）。“明在系／暗在系”對應的，是物理學者戴維·波姆 1980 年提出的顯析秩序與隱纏秩序，而作品為那套未確認能量取的英文全稱，正是第七章的 Energy of Implicate Order，波姆的術語被直接搬進了反應爐的技術文件。作品也使用了“形態形成場”概念。生物學者魯珀特·謝爾德雷克在八十年代初提出的概念，在作品裡被寫成實驗場的施工條件，那份技術文件的第三條要求，是實驗場必須按黃金比 1:1.61803… 構建。卡普拉一系的“新科學”通俗讀物、波姆與克里希那穆提的對談、以黃金比與金字塔為中心的神秘學出版，八十至九十年代日本“科學與靈性”這條書架上的幾本書，構成了這部作品偽物理學的來源層位。
把這部作品放回同類裡，它的位置才量得出來。1990年代日本推理遊戲常以多種選擇和名偵探的推理能力組織敘事。前者以春軟的音響小說系列為代表，1994 年的《鐮鼬之夜》把一座封閉山莊交給玩家的反覆重玩，結局以數十計；後者來自推理文學的既有體制，從以《十角館事件》為開端的新本格，到用民俗與妖怪知識解謎的京極夏彥，都以一位能憑知識當眾宣佈真相的人物作為敘事終點。本作對這兩種慣例均作了調整。它沒有可選的走向，主線唯一；它也沒有能宣佈真相的名偵探，主角是被投送進來的外人，第八章裡被告知自己是一件工具。
同期的兩部作品把差別照得更清楚。1999 年的《銀色事件》把連續殺人放進一座編號化的都市，敘述者是走進這座城市的刑警與記者；2001 年 10 月的《逆轉裁判》把推理搬上法庭，勝負取決於能否當庭推翻證詞，它比這部作品只晚兩個月。兩者都假定敘述者手裡握著足以改變結局的東西，而《火焰聖母》給的恰恰是一個缺乏這種權力的視角。研人可以查清全部原因，卻既不負責抓捕，也不負責判決。它在推理作品的譜系裡因此佔著一個別扭的位置，謎面是標準的新本格，解謎者卻被取消了許可權。
三、論證
作品透過書信、預言與受限的敘述視角，建立了一個在主角介入之前便已展開的事件結構。研人的調查能夠揭示這一結構，卻不能獨立決定它的執行。
最外面的一層由兩封信構成。全作第一段文字是一句沒有主語的宣告，說那兩個數學式意味的是
“生命の誕生と死”
（“生命的誕生與死亡”）。
最後一封信出現在第七章後編末尾，進一步追問，依推論非生命是π、生命是 Φ，那麼“地球(EARTH)”屬於哪一邊。兩封信共用同一個比喻、同一種口吻、同一個“改日共飲”的約定，又都提到收信人“不在日本的學會里”，這與妙見史郎鄉土資料館館長的身份吻合。根據這些對應關係，本文推定序章那封無名信也出自湖希的父親秋村啟悟之手，收信人是妙見。玩家讀到的這個故事被同一個人的兩次落款夾住，而這個人在故事開始的時候已經死了三年。
三條預言構成了事件推進的主要線索。從第六章末開始，作品裡反覆出現一個署名 w@lk3r 的預告，句式取自《路加福音》第十七章三十四至三十五節，其含義為那一夜，一個被取去，一個被留下。作品把一段末世論經文直接搬來當作殺人日程表，預告透過網路傳播，同樣的句子被寫進校內區域網，寫進城市各處的網站。訊息的寫入時間提供了明確依據。神父的燒死在二十三時到二十四時之間，而那條訊息的寫入時間是二十二時，署名者事先就知道，而作品把預知寫成了一條日誌記錄。經文在這裡被轉化為事件安排，宗教意義與執行機制由此結合。
預告署名也具有神學含義。作者自注說明，w@lker 出自菲利普·K·迪克，是“行走於大地、無處不在又無處所在”的那位神，一份殺人預告的署名，借的是一位處處都在、又處處不在的神的名字。說話的不是一個人，是一個位置。第三條預告則出現了例外。前兩條都由死亡兌現，第三條針對的卻是一位活人，而研人把她拖了出來。這不是疏漏。妙見早在第七章前編演示過，改變命運的人必須以相稱的風險作為能量來接收它。人的介入能夠打斷預言，但改變命運也意味著承擔相應風險。
敘述視角構成了第三層結構，把主角設定為稀人，等於宣佈他不是主角，而是被投送進來的工具。作者的用語解說進一步明確了這一角色的職責，他給僵化的共同體“帶來新的價值觀與系統”、誘發正規化轉移。這裡強調的不是帶來新的神，是帶來新的系統。而妙見早在第二章就當面叫過他“稀人”，研人當時未能理解這一稱謂，讀者與主角是在同一個時刻被瞞住的，真相早已交付過一次，只是沒有人接住。這一資訊差也影響了作品對推理體裁的處理。它把“讀者與偵探共同解謎”這一慣例整個抽掉，只留下一雙被投送進去的眼睛，而支撐起全部結構的，恰恰是這雙眼睛的無權。
主題 焚燒與獻祭
獻祭的完成以祭品形體的消滅為條件。作品將淨化表現為燃燒，將救贖的結果呈現為灰燼；結局留下的“眩白”之灰，使神聖敘述重新落到被犧牲者的身體上。
序章那封信在推演“古人的數式其實是物理裝置”時，更強調理論能否實際執行。真假不是問題，讓他們把它作為裝置實際運轉起來，才更重要。於是只有經得起實用的裝置被繼承、被留存，他們是遠比我們想象更徹底的現實主義者。這既是對神話的定義，也是作品自己的方法，它不要求讀者相信任何一套神話，而是把神話一律讀作“裝置”，一件以是否運轉、能否實用為唯一判準的技術物。神話的真偽被取消了，剩下的只有效能。第八章中，妙見進一步說明，神話世界只有走完它自己的程式才會真正解體，而解法叫“原因の解體”。
這套方法在作品之外還有一條作者簽字的註腳。作者在用語解說中說明，EARTH 系統以 TRON 專案為模型，但 TRON 是超機能分散系統，EARTH 是超機能集中系統，
“目指すべきものが１８０度違う”
（“兩者追求的方向相差一百八十度”）
，而這個差別被作者設定為東方式多神教思想與西方式一神教思想的差別。也就是說，這臺機器不是隨便一臺超級計算機，它是一臺按一神教造出來的機器。評論者容易把這部作品讀成“科技取代了宗教”，作者的說明則指出，機器本身就是按一神教的形狀設計的。多神教的世界裡，神各管一段，誰都可以談條件。一神教的世界裡，只有一臺機器、一套秩序、一個正統，其餘全是誤動作。
作品從三個層面解釋人體自燃，並分別聯絡不同組織的目的。第一章從物理學出發，指出閉鎖空間裡的高週波電波，只要空間的大小形狀與波長吻合，共振可把能量放大上千倍，第二章轉向神話傳統，指出發火現象至少有九百年曆史，某種意義上“這座城獨有的文化”，第八章則將其解釋為淨化之焰。不同組織的目的相應分化，企業要能源，教廷要神，舊住民要豐穰。三者對同一座城市做了同一件事，而參與者中的每一個人都不知道全貌。
第八章將三種解釋納入同一能量機制。四號機的技術文件把那套未確認能量定義為只以生命為介質、只對生命起作用，要求實驗場按黃金比 1:1.61803… 構建，並給它取了英文全稱 Energy of Implicate Order。於是所謂“淨化之焰”是物理量，所謂“哈伊努韋雷神話”是它在古代的稱呼，所謂“聖胎”是它的生物學載體，所謂“黃金比”是它的場形引數，神學的每一個名詞，最後都被換算成了工程學的一個係數。這一解釋也涉及機器的執行。第一章那封發往教廷的信指出，控制 m-EARTH 的中央控制機上出現了“無法修正的誤動作”，而寫信人形容它
“あたかも、そこに思惟的な何かが介在しているような”
（“彷彿有某種具有思維的東西介入其中”）、
“まるで、自らの意志で”
（“簡直像是出於它自己的意志”）。
機械與神學的聯絡由此形成。不是把機器神聖化，而是把神聖降格成故障報告。
題名同時關聯兩種“聖母”。其一是教廷供奉了兩千年的血統，其二是獨一無二的超級計算機。後者的官方導覽詞，第八章稱這臺機器的語言“正等同於聖母瑪利亞的話語”。研人對湖希的說明將兩者聯絡起來，指出這位聖母要產下的，是把一切燒盡的火之神。教廷供養了兩千年的母性，其產物不是神，是燃料。
而“聖胎產下火焰”這條設定，也與神話中的殺戮和分配有關。作者在用語解說【女神薩忒涅】條末將其概括為“ハイヌウェレ＋サテネ”（“哈伊努韋雷加薩忒涅”）即伊邪那美，並註明參考文獻為吉田敦彥《繩文宗教之謎》。哈伊努韋雷是印尼塞蘭島神話中的女神。她從身體裡生出寶物，人類先是歡喜，接著覺得噁心，最後把她殺掉，屍體切成幾塊埋進土裡，每一塊都長出一種作物。薩忒涅是殺死她之後統治人類的女神，她造了一座九重螺旋的迷宮，宣佈能走到她那裡的變成人、走不到的變成別的東西，隨後離開這世界成了冥界之主。一位是分屍生五穀的作物神，一位是造螺旋迷宮的冥界主。在作者的公式裡，這兩位合起來才是伊邪那美。於是“聖胎產下火焰”在神話層對應的不是誕生，而是分屍與再分配。它產下的不是孩子，是作物、是燃料、是可以被分配給眾人的東西。
題名本身有兩個來源。據同期刊物所載訪談，作者說題名取自繩文土器裡的“火焰土器”，與聖經裡的燔祭。火焔型土器 1936 年出土於新潟縣馬高遺址，“火焰”之名來自器皿上部形似燃燒火焰的裝飾。那並不是火，而是被做成火焰形狀的裝飾；這場獻祭從命名階段開始就是造型問題，而不是燃燒問題。作者自注也說明了燔祭的制度，血灑在祭壇四周，軀體切開、在壇上全部燒盡，含義是獻祭者與祭品“一體化”。這正是這部作品在結局處做的事，只不過獻祭者與祭品是同一個人。
獻祭結構中，兩位女性始終受到行動限制。其一是被囚幾十代的白膚女子“白神大人”。第八章給出她的名字尼蕾。她是家族的資產，而她想復仇的方式是帶著囚禁者一同赴死。其二是選擇不逃離的秋村湖希。兩人的“不動”具有鎮火技法的意義。湖希鎮火用的“火閉”有它的譜系，作者自注把它解作女性鎮火傳說的總稱。“不動”在這部作品裡是一門可傳授、可譜系化的技術。
白神最終消失，瑪德蓮留下鹽柱般的白灰，大門的妻子化為灰燼，長內博士也險些被燒死。幾位女性的結局共同表明，母親與母性承擔者始終處於獻祭的核心位置。
四、被位置牽住的人
主要人物的敘事作用分佈並不均衡。他們分別承擔安排計劃、介入共同體、被囚禁、被獻祭或恢復制度秩序等職責。作品對個人動機的說明相對有限，人物的行動往往首先受到身份和處境的制約。以下結合七位人物，分析這些安排如何影響他們的選擇。
蘭堂研人
主角蘭堂研人十六歲，是一名轉學進城、見習中的高中生偵探。研人具有童星出身、寄居偵探社、反覆轉校與善於觀察等背景和特點。但這些配置並沒有變成能力，作品把它們一樣樣拆掉了。他打不過華龍院家的護衛仲代，被一句“不想受傷就滾開”擋在門外，對付街頭混混的辦法是從口袋裡掏出一條毛蟲。他救不下石切神父，救不下班主任辻本，也眼看著三香野京子被人拖走。全作裡被反覆點名的那處短處，是他父親當年在片場對童星說的一句話，即
“お前はいつまでたっても泣くのがヘタクソだからな”
（“你總是連哭都不會啊。”）。
同一句話在全作出現三次，每一次都落在他真正想哭而哭不出來的時候。
他的行動力也不來自正義感，而來自童年形成的認知侷限，即難以理解他人表象之下的痛苦。他父親是電視臺的王牌製片人，從他記事起就把他塞進兒童劇團，他在裡面長成一個“小生意氣、性格扭曲的好青年”。轉折發生在他還是孩子的時候，劇團同期、剛以少女偶像走紅的江崎由美從事務所的天台跳下，隨後攝影棚裡傳出她的歌聲，三個同期生接連因事故入院。研人查明瞭聲音的來源。新裝的指向性揚聲器混進了電臺電波，不成調的聲音在三名當事人耳裡就是由美的歌。父親僱來的偵探則說明了事件的心理背景。那三個人“必須聽到”由美的理由，與由美跳下去的理由是同一個，他們為了在那個世界裡拿到位置而放手了什麼，再用別的東西去填那個空。而他從小隻被允許看見光鮮的那一面。他與父親大吵一架，離家出走，住進了賀神的偵探社。
第八章的遺書說明，研人因不知情而得以免受母神誘惑。他也將自己理解為城市系統中的“預料之外”與“不規則的條目”。作為“稀人”，他從外部進入共同體，以無法被原有秩序完全吸收的行動造成變化。他完成了被賦予的任務，卻直到後期才得知任務的真正含義。
賀神
賀神是這部作品真正的起點，卻幾乎不出現在正戲裡。他是一位留鬍子的中年人，偵探社的社長，經濟狀況十分窘迫，欠著一年房租，瓦斯和水隨時會被停，接到案子先收前金，沒案子就去賭馬。研人叫他“所長”，他每次都要糾正，這裡不是事務所而是偵探社，所以他才是社長。他要研人繼續唸書，理由是“這也是為了工作”。他給研人的第一件工作，是讓他以高中生偵探的身份工作。賀神不給錢，也不當他的父親，只提供一間破辦公室和一個身份。
序章裡研人抱怨接的活兒不像偵探社該乾的事，賀神反問偵探的工作究竟是什麼。研人依次答“抓犯人”“查個人查公司”，他依次否掉，那是警察的活，那本來是徵信所的活。他隨後將其定義為
“探偵の仕事とは、事件の起こる原因そのものを消し去ることだ”
（“偵探的工作，就是消除導致事件發生的原因本身。”）。
抓到一個犯人，只要原因還在，遲早會出現下一個，事件結束了不安卻還在，就是因為催生它的那個原因沒有被移走。
第八章中，妙見對計劃的解釋延續了這一觀念，指出神話世界只有走完自己的程式才會真正解體，解法叫“原因的解體”。他找上賀神偵探社，正因為這家社被看中的不是破案，而是“追查事件原因本身”的本事。一箇中年人對十六歲少年唸叨的偵探論，最後成了拆解一座城市神話的操作手冊。
他在這部作品裡還有第二重身份，把研人送進這座城，是他和妙見“立的專案”。知道研人找的女孩正是委託人的女兒之後，他斷定這活兒非研人不可，決定不把真相告訴兩個孩子，也是他。在一個由死者寫好劇本、由機器負責執行的故事裡，把棋子擺上棋盤的那隻手，屬於一個賭馬的老頭。而他最認真的話題是賽馬育種，“最初是血統，最後也是血統”，放在一部通篇講血統的作品裡，幾乎是一句自嘲。
秋村湖希
湖希同時具有三重身份，分別是被囚聖女血統的後代、被當作淨化工具培養的容器，以及一個會疼會怕的十六歲女孩。她的名字是父親取的，那封遺書裡寫明，“湖”字取的是“映著希望的瞳”的意思，寫信人希望這孩子的眼睛裡映著活下去的喜悅與希望。在一個把血統當作全部規則的家裡，給女兒取一個與神名無關的名字，是這位父親最像樣的反抗。
中學時，她把一枚土板護身符塞給研人，說這是委託費，她要當他的第一位委託人，那時她還是那個被保護的人。到第八章，她已經站在神前替別人說話。提及母親時，她明確表示
“お白様じゃなく一人の女性だったから…”
（譯：“因為她不是白神大人，而是一個女人……”），
她拒絕用神格稱呼母親，去神聖化在她這裡不是褻瀆，而是恢復母親作為個人的身份。她的母親首先是被囚在豎穴裡的女人，其次才是被供奉了千年的神。
湖希的獨白是全作唯一一次離開研人視角的第一人稱敘述，她主要表達的是被他人畏懼的孤立處境，而非對城市機制的解釋。作品由此給予她表達自身經驗的機會，卻仍將說明真相的權力留給其他人物。這既使她的痛苦得以呈現，也顯示了角色自主性的限度。
妙見史郎
妙見史郎是全作最不透明的人，白天他是鄉土資料館的館長，兼著聖骸高校的歷史課。他同時是秋村學生時代的朋友、湖希的守護者，以及賀神偵探社的委託物件。他的知識涉及解釋事件所需的多個領域，包括繩文土器、隕鐵與狐火、座敷童與白神大人的關係。
而他一半是老師，一半是推手。第二章他就當面把研人當作“稀人”驗收，說託他的福，自己的假說終於能被證實，一個十六歲少年查不出真相，得到的評價不是安慰，而是“你的功能已經達成”。他當面譏他“你那片雪白的腦細胞，也該摻點黑進去”。妙見****自己對計劃的參與，他稱這整件事為“我們立的專案”。知識的中立性，在神話被拆解的過程中變成了共謀，他既是最清楚這座城的人，也是最先把這座城當作可拆裝之物的人。
五、劇情內容
序章
黃金比、螺旋、火焰、迷路、母親、祭品、城市與神話。故事從一段關於1.618的獨白開始，寫信人列舉名片、電話卡、帕特農神殿、桂離宮、金字塔、巨石陣、米洛的維納斯、達·芬奇、北齋以及計算機，指出黃金比幾乎無處不在。
他告訴收信人，自己曾被告知兩個數學式，卻遲遲沒有真正理解它們。答案從一開始就在眼前，只是它被太多粉飾與後世的解釋覆蓋，成了陳腐的符號。他最終得出結論：那兩個數學式意味著生命的誕生與死。永遠在閉合圓周上迴圈的π，與描繪螺旋、從無理數走向有理數的Φ，二者交匯之處，是數學中最異常的一致，也是明在系宇宙與暗在系宇宙的交點。
古人未必知道火焰的原理，卻知道如何使用火焰。若他們曾把“生命”這個符號賦予數式，那麼這些數式也許曾作為某種物理裝置在現實中運作。信末，他惋惜收信人不在日本學界，希望有朝一日能像過去那樣，喝著廉價酒，徹夜爭論些無謂的話題。
1996年，一位帶著嬰兒的中年男子在逃亡中自言自語，宣稱自己看見了那團火，提到太陽與月的母神、哈伊努韋雷帶來的豐饒、薩忒涅的憤怒，說豐積之神總要回報，說這裡是煉獄，村中所有人都必須穿過九重螺旋迷宮，只有透過窄門的人才能保持為人，失敗者會變成別的東西。他稱這是村人累積罪業的審判，包括自己，但自己還不能死，因為那個孩子沒有罪，他必須把什麼傳下去。
時間轉到2013年5月21日，JR東北新幹線“白神1號”上。少年蘭堂研人在睡夢中被可疑的咔嚓聲驚醒，抓住了一位女性的手，誤以為對方是相機小偷。女性遞上名片，說自己叫神崎麗巳，是科學資訊雜誌《月刊Electron》的編輯。
她此行是想請研人協助調查聖骸高校，即伊邪那美市立聖骸布學園高等學校，一所由EARTH系統集中管理的智慧學校。研人說自己只是被賀神偵探社的“鬍子大叔”一時興起送來轉學，隨時可能回東京。麗巳卻告訴他，轉校手續已經辦完，希望他作為內部協力者提供情報。
研人不想管那麼多，自顧自睡著了。夢裡，三年前一個叫湖希的女孩給他看一塊帶有繩文漩渦紋的土板，說是護身符，並問他能否替自己保管。夢的後半段，父親冷漠地對他說“你看到的就是一切”，又催他去拍哭戲，可他最終沒有哭出來。
醒來後，研人用列車終端的網頁調查了伊邪那美市：舊市街戶來町與新市街合併，人口約兩萬，舊市民佔四成，新市民六成。EARTH是Electrical Architecture of Real Time Harmonize的縮寫，分為工業晶片、個人電腦、通訊控制、綜合控制四種OS。還有神奈備池、荒霸吐神社、龍神祠、東方聖骸布、聖骸佈教會、南部鐵瓶以及夏至的卡姆伊富奇祭。
隨後，研人發現地方新聞竟提前報道了伊邪那美變電所事故，寫著“白神1號”將在20時30分停電。麗巳讓他看時間，結果20時30分整，列車真的停電。麗巳說，伊邪那美市最近常發生這種事，自己真正想調查的就是它與EARTH系統的關聯。
麗巳告訴他其他乘客都已下車，並問他是否做了悲傷的夢，但說他並沒有流淚。研人決定離開列車，在車廂中找到寫有數字的紙片開啟緊急車門。他不願被動等待復舊，覺得那樣像被事故的流向裹挾，於是與麗巳道別，獨自走進夜裡的山道。他在山中走了幾個小時，不斷想起賀神關於“原因”的教導：人要在平時積累原因，才能在關鍵時刻決定結果，最糟的是無自覺地隨波逐流。
賀神還用賽馬打比方，說一個人若沒有積累贏的“原因”，即便預測正確也賺不到錢，命運在起點就已決定。研人又想起賀神委託他轉學去聖骸高校，說這本身就是工作，委託人不明，最後卻以湖希的下落為誘餌，告訴他湖希就在伊邪那美市、就在聖骸高校。
最終，他在飢餓與疲憊中看到遠方夜空中只有一片區域發出異樣光芒，走到懸崖邊看見奇異雲層，喃喃道：“這就是……伊邪那美市？”
第一章 契約の棺
研人進入伊邪那美市，看到的卻是破敗的舊市街。他試圖問路，卻被舊市街居民當成新市街的人包圍追打。逃到新市街後，一位老人反而說舊市街的人都是“說不通道理的野蠻人”，希望早日把那條臭水溝般的舊町剷平。
新市街整潔嶄新，卻有一種說不出的違和感。這時，一名白衣男子從研究所般的建築中搖搖晃晃走出，像醉漢一樣走到大路中央。研人上前提醒，男子卻喃喃說“銅板的……礦床……這片土地……”，隨後離開，掉下一張帶有Phoenix Japan標誌的研究員IC卡。兩名警備員和一名女性研究員出現，似乎在追他。
研人追到公園，白衣男坐在長椅上，不斷重複“兩個數學式”“螺旋的交點，即終局點”“被摺疊的左右迴轉”，還說自己是受“統治大地的主”所託，要傳達“太陽昇到最高的日子”“兩個螺旋重疊，淨化之炎將……”。隨後他大笑，說“真舒服”“和往常的實驗一樣”，當場燃燒，瞬間只留下人形燒痕。空氣中有異樣甜膩的臭味，人體幾乎完全燒燬，長椅卻安然無恙。
幾個黑服男子出現，彷彿早知此處會發生什麼，還提到“那位女博士的預料”。研人逃入公園深處的倉庫，被一個神秘少女招手叫入。黑服男子們放火燒倉庫，研人和少女從天花板逃出，跑到伊邪那美中央車站前廣場。少女告訴他這是全市唯一的車站，並勸他不要再接近這座城市。研人說自己是來聖骸高校上學的轉學生，少女驚訝後匆匆離開。
黑服男子們放火燒倉庫，研人和少女從天花板逃出，跑到伊邪那美中央車站前廣場。少女告訴他這是全市唯一的車站，並勸他不要再接近這座城市。研人說自己是來聖骸高校上學的轉學生，少女驚訝後匆匆離開。
研人隨後感到脖子一陣刺痛，頭暈目眩，一個男人假意要帶他去醫院，研人警覺地指認他，危急時有個神秘人出現，說“我們學校的學生怎麼了嗎”，趕走了對方。研人硬撐到聖骸高校門口後倒下。
第二天早晨，校門前，北川真奈瀨和同學發現滿身泥汙的研人睡在那裡。研人醒來後，弓繪老師辻本弓繪出現，起初把他當可疑人物。研人解釋自己就是轉學生，並說出她名片折角的小習慣，取得信任。
弓繪帶他回男子宿舍，叫他洗澡換制服，還交給他IC卡，告訴他這個城市不用現金，購物、打電話、坐公交、出勤全部依賴IC卡，他的居民登記和銀行賬戶也已由市裡辦好。研人由此感到這個城市對個人行動的監控無處不在。
他在宿舍遇到同寢室的奈村順平，一個技術高超的駭客。奈村指出研人進入伊邪那美市時沒有經過中央站的IC卡發行，因此他的第零條個人行動記錄是學校大門，成了系統無法設想的異常存在。
奈村還黑入不良少年的聊天，提前知道有人要襲擊女子寮前的高階轎車。研人從窗戶跳下去試圖救人，被襲擊的女生是華龍院巴。
危急時，神秘男子仲代出現，用幾乎看不見的一擊就讓襲擊者痛苦倒地，輕鬆驅散眾人。巴向研人道謝，奈村則警告研人不要接近仲代。
學生會長瀧恭一郎派人把研人叫到第一電腦室，又約他去市內最高大廈的頂層。瀧自稱是研人的委託人，要求他找出兩週前第3電腦室火災的“縱火犯”。瀧堅持那是放火，並暗示舊市民學生，尤其是仲代一派，是犯人。
研人看穿瀧真正想要的是從舊市民中捏造一個替罪羊。瀧給他的資料顯示，第3電腦室原為伺服器室，使用b-EARTH與c-EARTH系統，門禁記錄顯示起火時段無人進入，學校已將事件作為事故處理。奈村告訴研人，學校的學生用LAN和職員用LAN物理隔離，學生幾乎不可能篡改門禁記錄，因此學校不報警很可能是在掩蓋教職員相關的不祥事。奈村還提供瀧的背景：他是市長瀧連一郎的兒子，而市長經營Phoenix Japan，該公司實際支配著新市街六成居民的生活，聖骸高校本身就是伊邪那美市的縮影。
記者神崎麗巳再次出現，在研人的要求下找出一份2003年7月的舊雜誌《Electron》影印件，內容是“異常高週波引起的自然發火”。研人由此得到靈感，請求弓繪讓他進入第3電腦室調查。他檢查現場後發現，燒燬方式極為均勻，電纜完好，天花板卻嚴重焦黑，撕開牆壁後發現房間四面都有鐵板，是電磁波封閉空間。
研人召集瀧、真奈瀨、奈村和弓繪，用奈村改造過的業餘無線機做實驗。沒接電線的熒光燈在電波前發亮，並聯的燒燬主機板同時迸出火花。他解釋說，數兆赫茲的高週波進入鐵壁房間後產生共振並被增幅，空氣被離子化，火花便能瞬間燃燒室內裝置，這就是第3電腦室自然發火事件的真相。眾人信服，真奈瀨向他道謝，瀧卻大怒，認為研人背叛了他，留下威脅離開。
研人雖解決了事件，卻仍覺得高週波來源不明，心底留下微妙違和感。實驗結束後，湖希出現在研人面前。她說自己不想在這種地方見到他，還說“那時候你向我搭話，是一切過錯的開始”。研人拿出她當年託付的土板，說那個委託還沒有解決。湖希說已經無所謂了，隨後離開。研人對她的背影說，自己就在這座城市，就在她身邊。
第二章 妣の國
奈村因非法改造無線裝置被叫到職員室，回來後抱怨研人卻在睡覺。真奈瀨向研人道謝，兩人鬥嘴。森口紫乃出現，說鄉土資料館的館長妙見要找研人，讓他第三節課時翹掉歷史課去資料館。研人找到資料館，見到妙見史郎，妙見同時也是聖骸高校的歷史老師。
他對研人說，電腦室發火事件並非單純電磁波共振就能解決，因為伊邪那美市從至少九百年前就有發火現象，這甚至是當地特有文化，與舊市民信仰有關。他讓研人去調查華龍院家，說那是舊市民代表、古老名家，當主華龍院大門擁有極大權力，而華龍院家的女兒巴就在聖骸高校讀書。
當天放學後，幾個陌生人將巴的護衛打傷，綁架巴去了公園的倉庫。研人透過推理第一個趕到現場並救出了巴。因此研人受邀請去華龍院家，見到家主華龍院大門。
大門態度傲慢，雖然感謝他救了巴，卻明確表示不信任他，警告他不要接近巴和華龍院家。研人趁巴不注意，偷看到一間奇妙祭壇，外觀像佛壇，卻擺放著繩文土器，其中一個土器似乎有缺損。他感到強烈違和，但被人聲驚動，只得返回。
巴後來交給研人一封信，約他放學後到禮拜堂見面。巴說自己也常做關於白色人影女性的夢，並開始懷疑那不是夢，而是幼時真實見過的記憶。她由老僕山根爺養大，母親在她懂事之前就因病去世，而仲代是父親決定的婚約者，幼時像哥哥一樣。大門曾被新市民襲擊，是仲代救了他，從此大門信任仲代，讓他守護巴。巴還說，最近宅邸中出入的人突然增多，父親與他們在廣間長時間密談，不許人靠近，她擔心父親在策劃什麼，可能進一步煽動新舊市民對立。於是她請求研人協助調查宅邸，並決定當晚趁父親外出時行動。
研人隨後去資料館找妙見。妙見告訴他，華龍院家代代祭祀的守護神叫“白神大人”，是遠野座敷童傳說的地方變體，也被傳為白色女性之神。妙見給研人一個“釣手土器”，說也許能派上用場，還提醒他，有時真相就在眼前，只是人會用推測和解釋去扭曲它，要嘗試看見“原本的樣子”。
當晚，研人與巴在黑暗的華龍院宅邸會合。他們進入祭壇房，研人發現祭壇上的釣手土器排列中有一個缺口，便將妙見借給他的土器放上去，卻什麼也沒發生。後來他發現土器內部有燈芯一樣的東西，便用打火機點燃。祭壇隨即滑動，露出通往地下的階梯。兩人沿階梯而下，來到一處天然鐘乳洞。研人想起歷史課上學過的話，這鐘乳洞就是“妣之國”，即黃泉之國，常世之國，是統治冥界的母神居所。
洞中有一處座敷牢，外面覆著木格，貼滿符咒，牢中坐著一位身穿純白和服、坐姿端正的女性。巴認出她就是自己夢中的白色人影。女性抬起頭，容貌既像幼女又像成人，用研人完全聽不懂、似日語又似外語的美麗語言對他們說話。
就在此時，外面傳來“宅邸起火”的喊聲。研人決定帶巴和白衣女性逃走。華龍院大門卻趕了回來，指責巴背叛家族，說白衣女性是華龍院家的守護神“白神大人”，命令巴把她交還。巴拒絕，說不願再靠犧牲別人維持家族繁榮，大門便罵她只是傳承家系的道具，甚至掏出手槍要殺她。危急時刻，仲代出現，擊倒大門。
仲代承認火是他放的，並說那位白衣女性是他的母親。他讓研人帶巴和白神離開，承諾自己帶著母親走，還讓研人給母親吃點溫暖的東西。研人帶著巴、大門和白衣女性從燃燒的宅邸中逃出。大門重傷被送醫，白衣女性因長期囚禁而入院接受康復治療，仲代則作為放火嫌疑犯被通緝，行蹤不明。
第三章 プロビデンス
6月3日開始，學校裡流傳“木乃伊男”的傳聞，奈村告訴研人，三年前在這所學校任職的石切神父曾在毫無火源的禮拜堂中突然被火焰包圍，全身重度燒傷，被送進醫院後卻從集中治療室神秘消失，從此下落不明。由於他全身燒傷、繃帶纏繞，於是漸漸被傳成了在校園中徘徊的木乃伊男。真奈瀨認為這是有人故意利用三年前的舊事製造混亂，請研人一起調查。
研人進入教職員資料庫，發現石切神父的資料有一個極不自然的更新日期，正是當天，而三年前的記錄已經被人刪除。資料庫管理員的名字顯示為辻本弓繪。研人因此開始懷疑弓繪老師。奈村又黑進弓繪就讀的高中伺服器，發現那裡根本沒有她上過學的記錄，學歷很可能是偽造的。麗巳後來發來的資料裡，有一份Phoenix Japan的出向社員名簿，上面明確寫著“日本分公司專屬研究員、EARTH系統擔當、辻本弓繪”，出向單位為SSHS，正是聖骸高校的英文縮寫。
研人和真奈瀨決定尾行弓繪老師。弓繪行動極其謹慎，最終坐上計程車前往郊外。研人借用奈村那輛裝有小型噴氣引擎的“噴氣腳踏車”追趕，途中因速度失控差點出大事，但總算在郊外找到了弓繪老師進入的一間小屋。
研人解開數字規律，開啟了門。屋內空氣異常乾燥，角落裡放著一臺陌生機械，似乎通電運轉。弓繪老師發現他後，沒有否認石切神父就是木乃伊男，反而說石切神父在尋找某樣東西，而那樣東西其實早已不存在。她說自己一直被人看著，這裡沒有黑暗，只有光，所以無處躲藏。她說自己害怕，所以刪除了資料，但只有她自己的刪除記錄怎麼都消不掉。她甚至對研人說，接下來發生的事本該發生在研人身上。
就在這時發生了一場小地震，隨後弓繪老師突然像被什麼包圍一樣，身體從內部湧出青白色的火焰。她本人卻像泡在熱水裡一樣，說很舒服，隨後倒下，全身嚴重燒傷。研人叫來救護車，將她送往醫院。
晚上，伊邪那美市因高能研事故導致EARTH系統全面癱瘓。研人和真奈瀨趁著系統癱瘓進入漆黑的校舍搜尋石切神父。研人追進禮拜堂，在祭壇後發現了隱藏入口，裡面藏著一臺與弓繪老師小屋裡相似的機械。石切神父終於現身，自稱就是眾人所說的木乃伊男。他說自己是在復仇，目標是一個“傢伙”，還提到埃德蒙神父和那幫人把某樣東西藏了起來。
他沒有找到原本要找的東西，卻意外找到了另一件東西，一塊銅板。他說這臺裝置只是附屬品，不值一提，真正的目標是銅板，只要有了它，就能告發“邪惡的偽救世主”，隨後用強光迷住研人的眼睛逃走。研人追出禮拜堂，卻在校園中親眼看見石切神父被警察柿沼巡查長開槍射殺。柿沼聲稱自己只是警告射擊，因天色昏暗誤中目標，但研人清楚看到他根本沒有警告便直接開槍。事後，警方稱死者面部嚴重燒傷、身份難以確認，所持物品也沒有線索，因此暫時作為身份不明者處理。禮拜堂地下被埃德蒙神父下令封鎖，那臺機械被警方說成是高能研的地磁氣測定器，但研人根本不信。
第四章 逃れの街
6月7日，森口紫乃告訴研人，多鹿並非車禍，而是被一群黑服男人綁架。紫乃說自己親眼看見同伴多鹿被人用手帕捂住臉，然後被塞進車裡帶走。研人調查後發現，學校資料庫寫著多鹿因交通事故在巖手縣盛岡市的醫院住院，卻沒有寫明具體醫院名稱。
巴認為紫乃大概看錯了，因為老師說是摩托事故，而且若真要綁架人質，綁巴比綁多鹿更有價值。若是復仇，直接襲擊也比綁架更合理。京子則提供證言：前一天晚上六點五十分左右，她在舊市街看到過多鹿。研人由此推斷，學校所謂“傍晚發生事故”的說法與時間線存在矛盾。
瀧告訴研人，所謂M.I.B其實是Phoenix公司本社直屬的警備部門特務班，負責維持城市治安，和日本警方不同。瀧還說，多鹿前幾天曾來找他做交易，說仲代是背叛者，自己已不願再替仲代那夥人做事，並打算把華龍院家的秘密賣給瀧，但瀧拒絕了。第二天，多鹿就傳出被黑服帶走的訊息。研人懷疑多鹿是想把華龍院的秘密賣給Phoenix本社，才遭到綁架。離開瀧的公寓後，研人回學校時偶然看見湖希和一個黑服男人一起上了計程車。
他追查到兩人去了鄉土資料館，卻發現那個“黑服男人”竟是妙見史郎。妙見說自己剛參加完聚會，穿著黑色正裝，順路用計程車接湖希過來，因為有事要找她。研人這才意識到自己把妙見誤認成誘拐犯。妙見藉機狠狠嘲笑了他一番，湖希也久違地笑出聲來。
傍晚，研人送湖希回去。兩人一起走在商店街，看著夕陽，湖希說很久沒有覺得晚霞這麼美，也說和研人一起走路，彷彿回到了從前。研人想問湖希這些年發生了什麼，但湖希請求他不要問，說一旦說出口就再也回不去了。之後湖希說自己想起一件必須獨自去辦的事，堅持不讓研人同行。湖希離開後，研人感到有人監視，隨即察覺湖希可能出事，追了過去。他追到一輛卡車旁，鑽進貨車廂，發現湖希被人用藥弄昏，正倒在車廂裡。
車廂中還有屍體搬運袋和許多不明器材。研人叫醒湖希，兩人試圖逃走。兩人逃出後，發現身處舊市街邊緣的龍神祠附近。湖希一看到那裡就極度恐懼，喊著“不要進入我裡面”“火焰，火焰”。這時黑服男人們返回，為首者說他們已是第二次見面，還提到“試藥ATG233”，說研人也將成為試驗體。他宣稱這個城市的居民都是罪人，這裡是“逃城”，是等待神之裁決者被送來的地方，而湖希是“以業火淨化人們罪孽者”。
危急時，妙見再次出現，用指尖彈飛玉砂礫擊中黑服男的額頭。另一名黑服接到本社無線命令，說計劃已被本社發現，命令他們立刻返回。黑服們只得撤離。之後妙見陪他們去警察署報案，但警方說目前沒有居民失蹤報告，也不認為湖希的案子有多特殊。6月8日，奈村告訴研人，多鹿因傷勢惡化於清晨死亡，學校日報仍寫成交通事故。紫乃也接受了這個說法。研人卻知道，多鹿之死絕非單純事故。
第五章 虛空（COCOON）
巴告訴研人，天文部的朋友發現FRO資料裡，電離層異常與群發地震的發生時間完全一致。研人決定去查證。研人在天文臺偷聽到部員們談話，得知關鍵資料檔案被三香野京子拿走了。研人查到京子的地址是“尼亞加拉404號室”，沒想到她竟和瀧住在同一棟公寓裡。
京子告訴他，自己現在住在女生宿舍，父母早年離婚，她跟了父親，所以姓三香野，而母親長內理都子是高能研的研究主任。京子想要偷出母親的資料作為證據，並打算潛入高能研調查。兩人從京子母親的書房裡找到了寫著“虛空4號機”與“COCOON 4th Area”（COCOON第四區域）的資料夾，還發現了一張高能研主任級別的IC卡，以及一張京子幼時畫給母親的畫。
第二天，研人先檢視了高能研的官網。虛擬導覽介紹了重水素等離子體實驗爐“虛空”、巨大的迴旋加速器，以及地下爐心的抗震構造。當晚，奈村罕見地嚴肅警告研人不要接近高能研。
6月9日，研人和京子按約定在站前會合，前往高能研。研人讓京子用假名登記，自己則寫下真名。他們用長內博士的IC卡進入限制區，在資料室裡觸發指紋鎖。研人用感冒藥粉末和呼吸顯出面板上的指紋，再用包著手帕的手指按壓，成功解除鎖定。他們隨後發現了一間像醫院處置室的房間，裡面有注射器、沒有標籤的安瓿、消毒用酒精和醫療測量裝置。再往裡走，他們看到許多躺著的人，痛苦呻吟，出現嚴重的藥物戒斷症狀，顯然是被當成實驗體對待。研人拍下照片，並在現場發現了多鹿的頭巾，這讓他更確信黑服集團與高能研有關。
就在此時，持槍警衛出現，兩人逃跑，京子被子彈擦傷昏迷。危急時麗巳出現，將警衛擊昏，用車帶他們逃離，並把京子安置在研人的宿舍。麗巳勸研人不要再插手這件事，但研人拒絕，因為他已經看到了京子揹負的東西。
京子醒來後，哭訴自己夢見母親拋棄她，又說在實驗室裡看到那些被當成物品的人時，覺得那就是自己。研人抱住她，答應幫她救出母親。
奈村回來後聞到麗巳的香水味，趁機勒索午餐券，又賣出一條情報：高能研有四座實驗爐，其中四號機的警備公司與別處不同，相關資訊連內部職員都幾乎無法接觸，只有所長和主任級SA ID才能訪問。這說明高能研內部存在雙重結構。當天，研人還收到一封來自m-EARTH的匿名郵件，引用《聖經》中神降硫磺與火毀滅索多瑪和蛾摩拉的話，警告他不要干涉“虛空”。
6月10日，研人和京子再次前往高能研。研人先給賀神打電話求助，賀神說，長內博士明明知道IC卡被拿走，卻沒有來追回，說明她是在包庇京子，也就是說她心裡仍然愛著女兒，因此要解決這件事，就得訴諸她的母性本能。兩人進入研究所後，長內博士直接出現，並故意觸發一級警報，把他們困在設施裡。京子鼓起勇氣說希望她停止那種實驗，長內博士卻冷酷地說京子是能無者的、是阻礙自己的枷鎖，甚至說“你消失吧”。
研人帶著京子逃跑，京子順手撿到了長內博士掉落的一張紙條，上面寫著“brimstone and fire”（硫磺與火）。他們躲進一間實驗用房間，京子亂輸密碼觸發紅外線陷阱。之後他們闖入中央操作室，發現要解除警報必須輸入“系統強制停機”的密碼。研人聯想到匿名郵件和紙條上的“硫磺與火”，京子也回憶起聖經中索多瑪、蛾摩拉與羅得獲救的故事，最後輸入“LOT”，成功啟動系統強制停機，警報解除，全設施系統停止十分鐘，兩人趁機逃出。
然而，長內博士早已在外面持槍等候。她說京子從小就是自己的枷鎖，如今為了理想和所謂世界的福音，她必須讓京子消失。研人擋在京子面前，肩部被子彈擦過。京子哭著對母親說，雖然她一直覺得母親冷淡，但自己其實一直很喜歡、很愛那個驕傲而耀眼的母親。研人拿出那張幼時的畫，告訴長內博士，她雖然無法對女兒溫柔，卻一直把這張畫留在身邊，說明她心中仍有著母女之情。長內博士一度動搖，卻又像被什麼東西控制般痛苦掙扎，最後竟說“我不想死，誰來救救我”。
麗巳再次出現，將長內博士擊昏。研人因傷倒下，後來被送往醫院，所幸只是輕傷。他們向警方控訴高能研的非法行為，卻完全不被理會。之後京子把FRO的資料檔案交給研人，作為報酬。她說母親回到高能研後，又變回了原來的長內理都子，似乎完全不記得自己說過的話。麗巳告訴她，那只是因為感情高漲，暫時解除了精神控制。京子表示自己不會放棄，一定要把母親從研究所裡救回來。研人也鼓勵她，並說那張寫著“硫磺與火”的凌亂紙條，也許正是長內博士真正的內心在向他們提示逃脫方法。
第六章 間奏曲
6月12日，奈村告訴研人，明天是伊邪那美市創設五週年紀念日，學校放假。湖希忽然出現，說妙見老師讓她來傳話，要她和研人明天一起去天象館，兩人約在明天中午十二點站前集合。當天，研人和湖希一起去了天象館，又去了屋頂溫水泳池。
湖希久違地像從前一樣笑，談起中學時遊樂園泳池的事。她說那天自己說腳扭傷了，其實是假的，因為她“必須留在那個地方”。第二天，那個遊樂園發生了自由落體設施崩落事故，多人重傷。湖希說，自己現在之所以在這座城市，是有原因的，並向研人道歉。研人沒有追問，只說了一句：“謝謝你穿著那件衣服來。”
當天夜裡，研人做了個奇怪的夢，夢見手持火把的人們踏著奇異舞步，形成巨大的螺旋，螺旋中心有一個少女。隨後場景轉到埃德蒙神父寫給樞機卿的信。他說m-EARTH的誤動作已經無法挽回，伊邪那美市上空的電子雲正以每天約三百米的速度接近地表，市內帶電與電磁波事故頻發，市民人心混亂。他們本想透過EARTH系統創造只有神遍在的第二宇宙，但被創造的“聖母”已經遭到詛咒。埃德蒙還提到，一切的開端是他們在普羅旺斯古老修道院遇到的那個繼承“塔之娼婦”血統的人，她被當作孕育聖石的聖胎。埃德蒙知道自己被m-EARTH監視，但仍相信會有人像羅得一樣被神的手救出，只希望那時不要重蹈羅得妻子的覆轍。信的最後，系統提示郵件傳送錯誤，埃德蒙的獨白突然變成“為什麼出現了？”“為什麼在這個地方？”“你這傢伙！？”最後一段寫道：那一夜，一個寢室裡睡著兩個男人，一個人被帶走，另一個被留下，署名是“W@lk3r”。
第七章 夜半樂前篇
6月14日，柿沼刑警死亡，和埃德蒙神父一樣，全身化為灰燼，這次事件發生在開闊的戶外。而前一晚送來的預告郵件“田地裡”再次應驗。妙見把研人帶到鄉土資料館，說這件事對研人和湖希都很重要。
路上，妙見開始講述伊邪那美市的歷史。他說舊市街以前叫“戶來村”，村民一直守著每年夏至舉行的“卡姆伊富奇祭”。這個祭典表面上是祈願豐饒，實際上是在重現伊邪那美生下火之迦具土的情景。崇拜物件看似伊邪那美，其實是被阿伊努語稱為“火神”的“卡姆伊富奇”，也就是火之迦具土。妙見還提到，戶來村與“希伯來”讀音相近，當地曾有“基督之墓”，而聖骸高校名稱由來的“東方聖骸布”就是從那裡出土的。放射性碳檢測顯示那塊布大約有兩千年曆史，後來被梵蒂岡認定為聖遺物。妙見進一步說，在這片土地上，基督也被當作神道中的一位神，被稱為“天之峰火男神石切彥命”，而石切這個姓氏的家族，正是自古以來守護那座墓與祭祀場的宮司。石切神父即使後來成為教會司祭，也沒有擺脫守護那裡的使命。
到了鄉土資料館，湖希已經在那裡。研人這才知道，妙見與湖希的父親秋村啟悟是學生時代的好友。妙見研究考古學，秋村研究民俗學，兩人過去常一邊喝酒一邊爭論學說。那是一種以女性身體鎮火的神話母題，沖繩傳承、日本書紀中猿田彥與天鈿女的故事，以及凱爾特神話中庫·夫林被一百五十名女子冷卻戰火的情節，都屬於同一類。妙見說，秋村大概早已預感湖希的命運，才會把這些話告訴她。湖希告訴研人，福音書中的那句話一共有三句，分別是“宿”“畑”“臼”，而“臼”還沒有發生。
研人和奈村討論時，奈村查到了新的預告：“兩個女人一起推磨時，一個被帶走，另一個被留下。”六月十八日，研人在校內四處打聽“臼”的含義。京子給研人看FRO觀測記錄，顯示昨天發火事件發生的時間段裡電磁波數值急劇上升。研人打電話給賀神，賀神告訴他，聖經時代做麵包用的“臼”是石制挽磨，由上下兩個扁平圓石組成，中間放入麥豆，轉動上面的石頭，就能把穀物磨成粉。
之後研人走進禮拜堂，遇見修女瑪德蓮。瑪德蓮察覺他表面開朗，內心卻藏著悲傷，便提議他在告悔室中向聖母傾訴。研人在狹小黑暗的告悔室裡，不由自主地回憶起過去。他的父親是電視臺的能製片人，在他很小的時候就把他送進兒童劇團，接受演員教育。後來，同期的江崎由美作為青少年偶像出道，歌曲走紅，卻突然從事務所樓頂跳下身亡。此後電視臺攝影棚裡開始傳出由美的歌聲，聽過歌聲的木島、梶本、五條三人接連因事故住院，於是“詛咒的攝影棚”傳聞擴散。研人的父親請來賀神調查，最終研人自己揭開了真相：所謂歌聲只是最新裝置指向性揚聲器混入了無線電波。但賀神進一步查到，三人之所以“必須聽見”由美的歌聲，與由美跳樓的原因相連。研人當時只看見演藝圈光鮮的表面，什麼都不知道，後來與父親大吵一架，離家出走，投靠了賀神。
研人從告悔室出來後，祭壇後的彩繪玻璃透進莊嚴的光。他突然看見石切神父的身影，追出去卻跟丟了。他想到，沒有IC卡的人在伊邪那美市就像幽靈一樣。就在這時，他注意到天文臺的圓頂正在旋轉。那圓頂像兩個重疊的圓石，令他想起賀神說的石臼。他恍然明白，預告中的“臼”指的就是天文臺。
他立刻去借到天文部員IC卡，趕到天文臺。天文臺內充滿異常熱氣，空氣中瀰漫甜膩而令人作嘔的氣味，還有靜電火花。研人確認這就是第三個發火現場。他在裡面找到長內博士。長內博士精神恍惚，說這裡是建在教會上的地方，又喃喃自語電離層資料、女兒京子、自己必須刪除資料。青白色火焰開始出現，長內博士卻像泡在溫泉裡一樣舒服。研人強行把她抱出天文臺，送到醫院。京子隨後趕來，研人告訴她長內博士沒有生命危險，但燒傷嚴重，最好轉去東京的專門醫院。
之後研人被警官叫住，要求他去警署說明情況。他本以為只是麻煩的詢問，卻被警車帶到高能研，並交給黑服男子。研人意識到自己落入了Phoenix方面手中。隨後他在一個昏暗房間裡醒來，頭痛、身體僵硬，似乎被下了藥並放置了很久。房間裡排列著大小管道與電纜交錯的機械塊，發出熱氣和低沉的運轉聲。他找到一根撬棍，又發現端末，開啟後看到“COCOON 4th Area”的檔名，他意識到自己就在高能研地下設施中。
途中他觸發麻醉氣體，用撬棍撬開閘門，又用長內博士的IC卡解除控制，進入中央操作室。在中央操作室，研人收到來自m-EARTH的直通訊息，說c-EARTH已在控制下，下級使用者限制全部解除，讓他迅速確保脫出路。研人震驚於有人入侵m-EARTH並奪取了許可權，同時趁機瀏覽高能研的核心資料。他看到了“介面干涉式熱核融合發電的原理”：虛空一號機與二號機用電加熱等離子體，三號機用核分裂餘熱，四號機則使用未知能量“EIO”，即“Energy of Implicate Order”。
EIO以生命為媒體流動，隻影響生命，物理做功量為零，卻擁有與電能共通的性質，流動時產生磁力線，遇到抵抗處會產生熱反應。當流動形態相同、質量不同的兩個物體組合時，質量小的一方會成為質量大一方EIO流動的電阻，也就是“試驗體”與“爐心”的關係。試驗體會瞬間發熱、短路、燃燒，這被稱為“臨界限象”。其條件包括爐心獲得足夠EIO、試驗體處於能構成抵抗的狀態、實驗的形態形成場必須以黃金比1:1.61803……為基礎。最終目標是利用EIO透過電阻時產生的巨大熱量加熱爐內等離子體，實現熱核融合。試驗體只是暫定措施，最終打算使用一種與人類生命形狀相同的矽生命體礦物。
研人還看到了埃德蒙神父傳送的郵件全文。埃德蒙報告說，m-EARTH的誤動作已經無法挽回，伊邪那美市上空的電子雲正以每天約三百米的速度接近地表，市內帶電與電磁波事故頻發，市民人心混亂。他們本想透過EARTH系統創造只有神遍在的第二宇宙，但被創造的“聖母”已經遭到詛咒。埃德蒙還提到，一切的開端是他們在普羅旺斯古老修道院遇到的那個繼承“塔之娼婦”血統的人，她被當作孕育聖石的聖胎。
研人還看到長內博士的日誌，其中記錄五月二十一日深夜，負責m-EARTH的研究員突然人事不省並逃離設施，可能服用了試藥“ATG233”，後在市內特殊EIO收束域附近引發五級臨界限象。日誌還提到六月十一日她頭痛、記憶曖昧，只能靠女兒幼時畫的畫填補空白，以及六月十八日本社下達全員撤收命令，終局點還有六十六小時。
之後之前的黑服男子出現在研人面前，說給研人注入的藥效果很短，並提到湖希是“第三聖胎”，說本社高層因梵蒂岡的面子而默殺第三聖胎的存在，但自己認為她有強力利用價值。他還說多鹿曾主動找上門，說出華龍院守護神的事，結果成了試驗體，自己正是從多鹿口中得知第三聖胎的存在。男子逼問研人如何侵入m-EARTH，認為研人一定利用了湖希。研人拒絕回答，男子正要殺他時，SAT突入。男子驚呼為何門鎖被解除，忽然明白m-EARTH在幫研人，狂笑著說“你不是守護她，而是被她守護”。隨後他服毒自盡。SAT控制了設施，研人趁亂離開。在大廳，他看見麗巳正在指揮SAT，才意識到她並非普通記者，而是警視廳***外事課的神崎警部。
當晚，警報聲持續到黎明。高能研被SAT鎮壓時，幹部和主任研究員早已逃走。六月二十日，新聞****高能研的騷動，因為Phoenix是外資企業，虛空是官民合同能源事業的一部分，伊邪那美市警察又已私有化，牽涉太廣，資訊被管制了。研人從網路傳言中拼湊出事件全貌，決定回東京找賀神商量。他向湖希告別，說去東京兩天就回來，回來後一定解決這個事件。湖希說“我等你”，那笑容卻像在道別。
到了車站，麗巳突然出現，問他覺得這起事件是“被製造出來的悲劇”，還是“必然發生的悲劇”。研人回答是“被製造出來的”。麗巳說“那就好”，讓他代向賀神問好。研人在列車上回憶湖希曾說過，她在遊樂園泳池說腳扭傷是假的，因為她“必須留在那個地方”。他突然意識到，湖希不動是有意義的，就像長內博士留在某個地方一樣，她們都在透過“不動”來改變流。他明白自己若現在回去，或許還能阻止什麼，於是決定立刻返回伊邪那美市。
第八章 火焰聖母
研人回到市裡，發現整座城市已經徹底變了樣。車站的檢票口和IC卡發行閘門全部停止，站內空無一人。街燈和訊號機全部熄滅，站前廣場幾乎無人，偶爾遇到的人也都像泥醉一樣目光渾濁、無力地癱坐在地。研人意識到，自己離開的半天裡，這座城市發生了極其嚴重的事。他在中央大街遇到一個驚恐的新市民，對方看到他就不停求饒。
之後在瀧的公寓前，他見到已經瀕臨崩潰的瀧。瀧告訴他，Phoenix本社已經拋棄了瀧家，高能研實驗爐的責任將由日本支社承擔，他父親當天下午已經宣佈辭去市長職務。瀧還說，舊市民會把一切砸爛，在EARTH系統癱瘓、警察機能麻痺的黑暗中，沒有人能阻止他們，所有人都會被“硫磺與火”燒死。
在EARTH管理中心，研人遇到一個精神恍惚的研究員，對方反覆說“聖母”失控，一切都被毀滅了。到了高能研前，那裡反而異常安靜，只剩幾名警視廳警官在警戒。麗巳也在那裡。她承認自己早就知道研人的推理有偏差，並告訴研人，她其實是警視廳***外事課的人，是賀神委託她照顧研人的。研人表示自己已經卷入太深，一定要為這座城市的全部事件做個了結。麗巳最終同意放他去行動。
研人進入E管中心，發現裡面的門會自動開啟，只有這座建築還通著電。館內用於介紹EARTH系統的虛擬主持人開始自動播放，說m-EARTH是“Macro-EARTH”，控制整個網路，執行它的機器名叫“聖母”，意為“聖母”。賀神在這時出現，他說，他是接到麗巳通知，知道研人已經解開這座城市的謎團後才趕來的。賀神解釋，這次事件的核心是“神話結構”。秋村啟悟和妙見早就認為，伊邪那美市的各種事件，根源在於這座城市建立在神話結構之上，只有讓“稀人”這個外來者去破壞神話世界的程式，才能真正拆除原因。
研人這才明白，自己從一開始就被當成了這座城市的“病毒”。賀神告訴研人，現在的伊邪那美市已經陷入恐慌，舊市民正舉行“卡姆伊富奇祭”，由從醫院逃出的華龍院大門和“白神大人”帶領。研人隨賀神和妙見來到鄉土資料館，湖希也在那裡。
妙見拿出一封秋村啟悟寫給他、卻因事故身亡而未能寄出的最後一封信。信中，秋村說自己從華龍院大門那裡帶走了兩個孩子，一個是出生一年的男孩，一個是剛出生的女孩，他們都是華龍院家的守護神在座敷牢中生下的孩子。男孩被定為華龍院的忠實侍從，女孩則要繼承“白神大人”。秋村帶著嬰兒逃進鐘乳洞，最終逃出地面，但男孩太虛弱，只好託付給偶然路過的農夫，女孩則由他親手撫養。秋村給她取名湖希，希望她的眼中能映出生命與希望。
秋村還寫到，華龍院的“白神大人”傳說屬於哈伊努韋雷型神話，女神被殺後屍體中生出穀物。白神大人產下的“迦具土”之力讓華龍院家繁榮，但豐饒總會要求回報，這片土地上的所有人都必須透過九重螺旋迷宮，只有穿過窄門的人才能保持為人，失敗者會變成別的東西。若想終結這無盡螺旋，只有不受母神支配的外來者“稀人”才能做到。秋村請求妙見，如果自己研究途中倒下、湖希再次被螺旋囚禁，就由妙見把“稀人”送入這片土地。妙見讀完信後，聯絡了賀神偵探社，於是研人被派來。
之後，真奈瀨、京子和巴也先後來到資料館。真奈瀨被妙見從學校救出，懷疑係統停擺是病毒造成。京子帶來了伊邪那美市的地層和斷層線資料。妙見把土板還給研人，說土板中混有特殊隕鐵。就在此時，舊市民襲擊了資料館，湖希說他們是在找自己。湖希坦白，她就是“白神大人”的女兒。卡姆伊富奇祭中，伊邪那美會在夏至日出時產下迦具土，而在龍神祠會舉行把石頭植入伊邪那美體內的儀式，石頭會在胎內成長為迦具土。她說只要自己被抓住，那些人就會退去。巴試圖阻止，卻被舊市民打傷。危急時仲代出現，輕鬆擊退舊市民，並告訴研人，他是湖希的哥哥，就是秋村信中提到的那個男孩。他把秋村信件中缺失的部分交給研人，說湖希不該看這些，然後讓研人帶湖希逃走。
研人和湖希逃出後，湖希說逃到哪裡都一樣，只要她仍是白神大人的女兒，悲劇就會重複。研人問她，自己被困在高能研時，透過m-EARTH傳送指令的人是不是她。湖希承認，她從一個“某人”那裡得知了訪問程式碼的位置。研人推斷那人是埃德蒙神父留下的資訊。兩人終於和解，湖希向研人道謝，研人則說以後不會再讓她哭。他們決定不再逃走，而是主動去龍神祠，阻止祭典。
在神奈備池，他們看到無數舊市民手持火把，陷入恍惚的舞蹈，形成巨大的螺旋。兩人進入龍神祠，穿過龍鳴洞。研人解釋所謂“龍鳴聲”其實是夏至日出時陽光照到石造祭壇，石頭受熱膨脹產生的聲音。他想到夏至是太陽最近、電磁波最強的時刻，而這座城市上空又有異常的等離子體與夜光雲，便明白祭典為何一定要選在夏至。他們透過白骨玉和藤蔓到達地底深處。
在地底祭壇，研人和湖希見到大門與白神大人，也就是“尼蕾”。大門說湖希是華龍院之物，命令研人放下她離開。研人拒絕，並指出大門所進行的儀式不過是遍及太平洋各地的哈伊努韋雷型神話，並非獨一無二。大門則說，他親眼看見妻子千榮被常世之焰燒死，因為白神大人實現了他的願望。他稱自己無法容忍任何人妨礙他與尼蕾的“蜜月”，要尼蕾為他產下“迦具土”。他拿出“狐火石”，那與研人的土板材質相同，兩者都開始噴出青白色火焰。尼蕾看到土板後，竟緩緩向研人靠近。研人想借此將她從大門身邊引開。
大門解釋說，狐火石是這一帶地層中採出的特殊隕鐵，在白神大人的力量下能產生常世之焰，被此焰燒燬的人會帶來下一次豐收。他打算在夏至日出時讓火焰燒盡新市街，將所有居民化為祭品。湖希提出，只要自己回到牢中，大門就停止儀式。大門卻揭露，自己無法生育，當年是利用秋村作為種子才讓湖希出生，湖希是他的所有物，必須留在華龍院延續白神之血。研人憤怒地打了大門，大門正要殺他時，尼蕾突然開口，重複著大門曾對她說過的話：“你……是我的東西……”大門聽後說“尼蕾……這是你的願望嗎”，隨後像是接受了前往妣之國的漫長旅途，與尼蕾一同走向終結。湖希對研人說，她的母親在最後看了她，她感到那是一種嫉妒的目光。但湖希又說，這樣也好，至少她的母親並非只是牢中的“白神大人”，而是一個愛過某人的女人。她忍不住哭了起來。
研人無法接受這樣的結局，決定解開最後的謎團。他們回到鄉土資料館，奈村也活著回來。研人讓他準備之前在電腦室用過的道具，以及古老的計算機病毒。眾人聚集到禮拜堂，包括湖希、真奈瀨、京子、巴、奈村、妙見和賀神。研人在祭壇前看了東方聖骸布，那是一塊巨大亞麻布，中央有黑色人形染痕。隨後他開始向眾人解釋一切。
他先說第三電腦室發火事件，高週波共振只是表面現象，真正的條件是伊邪那美市本身變成了巨大的電磁波密室。夜光雲、電離層異常、群發地震、地下噴出的放射性氣體與等離子體，使城市被等離子體包圍，微波在其中共振。京子補充FRO觀測資料，證明地震與電離層異常完全同步。研人又說明，城市地下埋藏著特殊隕鐵。
妙見接著講述神話：伊邪那美市之名來自伊邪那美與火之迦具土，白神大人就是伊邪那美，釣手土器是懷孕女神體內燃燒火焰的土器，而古代人放在裡面的不是油，而是狐火石，也就是隕鐵。巴也講了當地關於三尾妖狐、寶珠、九尾狐和殺生石的故事，妙見解釋九尾狐其實是彗星，落地的石頭就是隕石。研人由此推斷，伊邪那美市其實位於一個巨大隕石坑的斷層線上，地下自然鐘乳洞眾多也是這個原因。
研人進一步說明，高能研的“虛空”四號機正是利用這種“常世之焰”的實驗爐。他們用人類當作電阻，用爐心當作巨大質量，讓EIO能量在人體上短路，從而產生數千度高溫的人體自然發火。換句話說，實驗爐就是巨大的釣手土器，爐心替代子宮，人類替代狐火石，他們試圖以此重現迦具土神話。那些被關在實驗設施中的人，就是為了被燒而收集來的。研人還解釋，地下的雷線路、即龍脈，被電磁波照射裝置像針灸一樣改變流向，從龍神祠被引向高能研。古代祭典和現代實驗爐所做的，其實是同一件事。
最後，研人解釋EARTH系統：m-EARTH原本是埃德蒙神父為在網路中創造“唯一神之國”而設計的，但後來產生了第二個角色“w@lk3r”，也就是“行走於大地之神”。湖希則說出b-EARTH中隱藏的Easter Egg，裡面有埃德蒙神父的留言和m-EARTH的訪問程式碼。研人決定再次讓奈村入侵m-EARTH，用大量古老病毒將其破壞。真奈瀨、京子、奈村、巴、妙見和賀神留在教會執行這個計劃，研人和湖希則前往龍神祠。
途中，賀神說他必須保留一個成年人的選項，希望研人允許，研人表示理解。在神奈備池，舊市民擋住去路，麗巳帶著警視廳狙擊班及時趕到。她告訴研人，如果 crater 內側的隕鐵同時噴出數千度火焰，不僅是伊邪那美市，小川原核電站、六所村核廢料設施、鈾濃縮工廠，甚至三澤美軍基地都會被捲入，日本可能滅亡，世界也可能毀滅。她給研人的說服期限是黎明，之後她將強行介入。
研人打算在夏至日出前打斷神話的重演。瑪德蓮卻出現在他們面前。湖希叫她“瑪莉”，瑪德蓮要他們趕快逃離，因為這裡將被淨化之焰燒盡，而她體內的“主”即將誕生。研人想起她曾說過“我等你”，也想起父親要他好好哭出來、湖希請求他尋找真正母親的那些話，拼命追趕。他追上瑪德蓮，卻發現自己什麼也說不出來，只能請求如果能繼續像昨天一樣，大家不變地一起快樂生活。瑪德蓮問他是否在尋求救贖，然後像從前那樣溫柔地說，男孩子這樣可不行，但沒關係，他今後會變得更溫柔、更堅強。她最後說：“願這片土地得到祝福。”隨後，她在研人和湖希眼前被火焰吞沒。當光芒散去，那裡只剩下一根彷彿鹽柱般、刺眼而潔白的灰燼。
終章
火焰與狂亂的夜晚之後數日，伊邪那美市恢復了往常的日常。最終“龍鳴”沒有響起，因為賀神和麗巳安排SAT別動隊進入龍鳴洞地下，把冷卻液澆在了引發鳴聲的祭壇石組上。夏至日出時什麼也沒發生，舊市民們目睹這個現實後，像附身之物脫落一般，各自回家。高能研與EARTH系統引發的一系列事件，沒有被媒體大規模報道，最終以Phoenix-Japan部分職員被逮捕和瀧市長辭職作為“解決”。
實際上，控制伊邪那美市中樞的高能研幹部、E管研究者、部分市警以及Phoenix系列警備公司約一百人，在夏至前後從城市中消失，連同“虛空”四號機的實驗體及許多重要證據一起不見蹤影。他們像從即將毀滅的所多瑪和蛾摩拉逃出一樣離開了。但他們的算盤落空，伊邪那美市沒有被硫磺與火焚燒，城市與居民仍然照舊存在。研人決定不告而別地離開伊邪那美市。奈村告訴他最後一條情報：EARTH系統目前以分散控制臨時執行，但不久後似乎會恢復集中控制。m-EARTH雖然曾被他們投入大量病毒，卻並未真正死亡，只是裝死。重啟“聖母”後，它又開始執行，不過比以前安靜許多，不再做預言，只是按設計老老實實工作。奈村說以後若發生怪事會聯絡他，並稱他為搭檔。
研人去向妙見告別，妙見說之後的事交給自己，研人已經充分完成了“稀人”的職責。束縛這座城市的神話，隨著伊邪那美的死而完結，迦具土的真身被揭開後，整個神話結構便解體了。研人提到東方聖骸布。他說，如果湖希和修女的體質都源自耶穌血統，那麼所謂救世主之力大概也是同一種東西。人體若在瞬間被燒盡，包裹它的布上會留下什麼？妙見震驚。研人表示自己不會說出去，隨後向妙見道別，請他轉告湖希等人自己一切平安。
研人離開時在車站遇到麗巳，她也要回東京本廳。兩人正說要一起走，賀神卻突然出現，兩人顯得關係親密，二人準備一同離開。研人只能無奈地獨自等車，在等車時，湖希趕來。她問研人是不是還是想當偵探，並說等他成為真正的偵探後，自己要當他的第一個委託人。她把土板作為委託費交給他，說是“預約”。兩人像從前一樣輕鬆地說笑。後來，m-EARTH傳來一條資訊：“God Bless Forever! You to Mizuki and You from Marie”。
時間轉到2013年7月，東京賀神偵探社。暑假來臨時，事務所裡多了一位新成員，那是一個開朗、可愛又可靠的研人的搭檔。她來了以後，偵探社的委託電話變多了，研人甚至懷疑這是天變地異的前兆，也許是守護神大人的保佑。結尾，研人回想那座城市裡發生的事：為了豐饒而被囚禁的母親，為了贖罪而成為祭品的少女。他不會忘記這一切。但他也說，悲傷的眼淚已經夠了。如果湖希因為那股力量而想哭，這次就由他來替她擦去眼淚。現在他能做的，只有一件事，就是繼續守護湖希。
結語
作品的主要事件在研人進入城市之前便已有安排。秋村的研究假設構成框架，預言推動事件發生，研人則以受限的外來者視角接近真相。他能夠打斷部分安排，卻始終無法獨立掌握整體程序。
它把神話讀作裝置，把神讀作一臺出故障的機器，把救贖讀作燃料，把“淨化”讀作衛生學的完成形。它在自己的第一屏宣告整套理論不可檢驗，又在自己的最後一屏讓神罰沒有落下。
作品的設定形成於1996年，物理學想象主要來自八十年代的通俗讀物，網路管理也仍以市營中央主機為中心。這些構想帶有明確的時代侷限，但對控制與犧牲的聯絡仍具有解釋力。當城市以潔淨和全面可見為目標，將判斷權集中於單一系統時，具體個人可能成為維持秩序的代價；系統的權威也可能被神聖化，使其錯誤被解釋為不可質疑的安排。
教會追求神聖，企業追求效率，舊住民追求豐穰，三方均將自身目的視為合理，卻沒有真正獲得預期結果。作品的批判因而超出了某一組織的善惡，指向將神話轉化為可操作裝置、並以人的身體維持其執行的共同邏輯。
